Cuando Luis Montt asumió como director de la Biblioteca Nacional de Chile en 1886, una de las primeras tareas que realizó fue la reorganización de las secciones y sus colecciones. Una de estas fue la Sección Manuscritos, que comenzó su conformación en 1818, bajo la dirección de Manuel de Salas (1754-1841), teniendo como base el Fondo Antiguo.

El Fondo Antiguo fue una colección que agrupó documentos coloniales, documentos patriotas, realistas y prensa de la Guerra de Independencia y las primeras décadas de gobierno republicano. Además, incluyó los libros y manuscritos de la Orden de los Jesuitas, que se encontraban en la Universidad de San Felipe y que correspondían a los fondos de las bibliotecas del Colegio Máximo de San Miguel, que contaba con 6143 volúmenes, del Noviciado de Santiago, con 1614 volúmenes, y del Colegio de San Pablo, con 505 volúmenes (Thayer Ojeda, Tomás. "La Sección Manuscritos de la Biblioteca Nacional de Chile". The Hispanic American Historical Review. Volumen 4, número 1, 1921, p. 137).

Posteriormente, en 1846, se sumó a la Sección Manuscritos la biblioteca de Mariano Egaña (1793-1846), ingresada por una ley especial que permitió adquirirla. Estuvo compuesta por sus libros y manuscritos y la biblioteca de su padre, Juan Egaña (1768-1836). Esta colección estuvo conformada por "8.876 volúmenes que correspondían a 3.040 obras", que consultaba parte significativa de la "moderna producción intelectual, científica y literaria europea de las primeras décadas del siglo XIX" (Catalán, Gonzalo; y Jorquera, Bernardo. "Biblioteca Nacional de Chile". Boletín de la ANABAD. Volumen 42, número 3-4, 1992, p. 138).

En 1861, la Biblioteca Nacional adquirió la "Biblioteca Americana" de Benjamín Vicuña Mackenna (1831-1886), que contenía documentos y libros recopilados por él en sus viajes por América y Europa (Catalán y Jorquera, p. 139), y, en 1874, la biblioteca y manuscritos de Claudio Gay (1800-1873), integrada por todo el material que el naturalista utilizó para conformar su Historia física y política de Chile (1844-1871). Dos años después, en 1876, llegó a la institución la documentación y libros de Monseñor José Ignacio Eyzaguirre (1817-1875), con más de cuatro mil textos y manuscritos (Thayer Ojeda, p. 156).

Los archivos de la Real Audiencia, Contaduría Mayor y Capitanía General -ordenados y catalogados por Justo Abel Rosales (1855-1896), funcionario de la Biblioteca Nacional entre 1884 y 1891-, pasaron a formar parte de las colecciones de la Sección Manuscritos en 1886 por solicitud del director Luis Montt, quien también conocía esos fondos, trabajó en su ordenamiento y había escrito algunas de sus obras historiográficas utilizando dichas fuentes (Thayer Ojeda, p. 156-157).

Los dos primeros tomos (1898 y 1903) del Catálogo del Archivo de la Real Audiencia de Santiago estuvieron a cargo de Hipólito Henrión y el tercer tomo (1911), de Tomás Thayer Ojeda (1877-1960).

A estos fondos se sumaron los Registros de Escribanos de Santiago y de las intendencias del Biobío, Concepción y del archivo judicial de Concepción, por decreto del 25 de septiembre de 1886. Ese año se recibió también la colección de manuscritos de Vicuña Mackenna y Carlos Morla Vicuña (1846-1900).

Con todos estos archivos en la Sección Manuscritos, Luis Montt dio forma práctica "a lo que a manera de aforismo repetía él con frecuencia: 'no hay papel inútil', consiguiendo que prevaleciera su elevado criterio sobre el de los que opinaban que algunos de esos ricos archivos debían destruirse por carecer ya de todo valor" (Thayer Ojeda, p. 157).

De esa manera, la Sección Manuscritos quedó conformada en 1911 por las colecciones del Fondo Antiguo; el Fondo del Archivo de Cédulas y Reales Órdenes; Contaduría Mayor; Arzobispado; Municipalidad de Santiago; Cabildo de La Serena; el Fondo del Tribunal de Minería; Archivo del Tribunal del Consulado; Archivo de la Contaduría Mayor; Archivo de Eyzaguirre; Archivo de la Inquisición; Archivo de los Jesuitas; Escribanos de Santiago; Real Audiencia; la Biblioteca Egaña; los archivos Vicuña Mackenna y Morla Vicuña; así como de los documentos producidos por el Estado Mayor durante la Guerra del Pacífico; el Archivo Judicial de Concepción; el Archivo de las intendencias de Concepción (1819-184) y Biobío (1829-1875); y documentos de la Oficina Hidrográfica y la Gobernación de Angol (Thayer Ojeda, p. 158-172).

Si bien la Sección Manuscritos no llegó a tener un catálogo consolidado, sí lo tuvieron algunas de las colecciones, como el Catálogo de la Biblioteca Egaña (1860), el Catálogo completo de la Biblioteca Americana (1861) de Vicuña Mackenna, el Catálogo de la librería legada por Monseñor Eyzaguirre a la Biblioteca Nacional (1876), el Catálogo de la Biblioteca y manuscritos de D. Benjamín Vicuña Mackenna (1886), el de los Jesuitas publicado en 1891 y de la Real Audiencia en tres tomos (1898-1911).