La Universidad de San Felipe contaba con las mismas facultades que las de Lima y México: Teología, Filosofía, Derecho, Medicina y Matemáticas. Se fundó con once cátedras: además de Teología, Cánones y Leyes y Medicina, que eran permanentes, había ocho temporales: Matemáticas, Instituta, Decreto y Maestro de Sentencias; dos de Artes y una de Lengua, esto es, de mapuche. Los estudios no eran gratuitos como en las universidades conventuales, pues se exigían elevados derechos por los grados, además de propinas y festejos que debía costear el propio interesado.

El local que albergó a la Universidad fue terminado en 1764. Ocupaba media manzana, cuyo frontis daba a la calle Agustinas, el costado poniente a la de San Antonio y la parte posterior a la calle del Chirimoyo, actual Moneda. Según el cronista Carvallo y Goyeneche, la obra era "de buena arquitectura, con las correspondientes salas para las facultades que se enseñan, espaciosa capilla para las funciones públicas y una lucida fachada con un escudo de armas, dividido en dos mitades. En la mitad derecha se ve la imagen del apóstol San Felipe y en la de la izquierda, un león con espada desnuda en la mano derecha, y por orla, un blasón que dice Academia Chilena in urbe Sancti Jacobi".