Durante el período colonial, prácticamente todo el quehacer intelectual y educativo permaneció circunscrito al ámbito de la Iglesia, que tenía reservada la asignación de títulos y grados académicos. Las primeras universidades chilenas, de modo natural, surgieron al amparo de las órdenes religiosas. En el convento dominico de Santiago comenzó a funcionar la Universidad de Santo Tomás en 1622, en base a las cátedras de Teología y Arte, que ya se impartían en el establecimiento. La institución entregaba grados de bachiller, licenciado, maestro y doctor, que calificaba a estudiantes criollos y peninsulares para acceder a cargos civiles y eclesiásticos.

Un año después, la Compañía de Jesús recibió la facultad de impartir estudios superiores en Chile y fundó el Convictorio San Francisco Javier, que más que rivalizar con la institución dominica se concentró en la formación de sacerdotes y misioneros para la evangelización de los indígenas, para lo cual dispuso de clérigos jesuitas llegados del Paraguay.

No obstante la gravitación cultural alcanzada, las universidades de matriz religiosa no lograban satisfacer las aspiraciones de los chilenos en orden a disponer de una academia superior que trascendiera los estudios religiosos y preparara a profesionales capaces de atender otras demandas de la sociedad a partir de disciplinas profanas, tales como matemáticas, filosofía, medicina y derecho. Así, en 1747 el monarca Felipe V dispuso la fundación en Santiago de la Real Universidad de San Felipe y revocó a las instituciones conventuales la facultad de entregar títulos y grados. Esta medida condujo a la clausura de la Universidad de Santo Tomás, mientras que el Convictorio Carolino permaneció en actividad hasta 1767, fecha en que, como consecuencia de la expulsión de los jesuitas de los dominios del rey de España, sus bienes fueron traspasados a la universidad real.

Al igual que sus similares de México y Lima, la Universidad de San Felipe contaba con las facultades de Teología, Filosofía, Derecho, Medicina y Matemáticas. En este establecimiento se graduaron más de mil estudiantes, algunos de ellos provenientes de Cuyo, Córdoba, Buenos Aires y Salta. Esta estructura funcionó regularmente hasta 1813, año a partir del cual y como consecuencia de la independencia política de Chile, la universidad inició un proceso de cambios y fusiones que derivaron, en 1843, en la fundación de la Universidad de Chile, una institución más ajustada a los ideales culturales y educativos de la sociedad republicana.