Desde el periodo colonial, la cordillera de los Andes llamó la atención de funcionarios de la corona española, investigadores y exploradores. Algunos fueron contratados por el gobierno colonial y otros realizaron sus trabajos de manera independiente. Recorrieron el territorio, observaron y describieron la morfología cordillerana y sus riquezas naturales.

En 1779, el gobierno español contrató a Alejandro Malaspina (1754-1810) con el fin de llevar a cabo una expedición que recopilara datos específicos sobre la geografía americana para la confección de una cartografía del territorio. En su paso por Perú, Chile y Argentina, Malaspina describió la cordillera de los Andes como "sumamente elevada, descúbrase propuesta a poca distancia, siempre calimosa y formadas al parecer sus cimas por materias areniscas y cenicientas" (Malaspina, Alejandro. Viaje político-científico alrededor del mundo. Madrid, España: Imprenta de la viuda e hijos de Abienzo, 1885, p. 100).

Las excursiones más detalladas sobre botánica y geografía las realizó Antonio Pineda y Ramírez, miembro de la tripulación de Malaspina. Del trabajo de Pineda, Malaspina destacó sus observaciones sobre el mineral de plata de San Pedro Nolasco, en la zona cordillerana de Rancagua, las que sirvieron para "aumentar con algunos conocimientos de la mayor importancia la idea cabal que procuraríamos dar a la Nación de esos depósitos peligrosos de su opulencia y de su miseria" (Malaspina, p. 86). También realizó anotaciones sobre plantas cordilleranas, de las que acopió mil cuatrocientos registros (Malaspina, p. 86).

El relato de la excursión de Malaspina fue acompañado por un mapa en el que graficó la parte central de la cordillera de los Andes entre Chile y Valparaíso y un cuadro adjunto que contiene el "Plano del paso de los Andes", camino que conectó a ambos territorios durante el período colonial (Sagredo, Rafael y González, José. La expedición Malaspina en la frontera austral del imperio español. Santiago: Centro de Investigación Barros Arana, Editorial Universitaria, 2004, p. 140).

A fines del siglo XVIII, Juan Ignacio Molina (1740-1829) publicó en Bolonia sus libros Ensayo sobre la historia natural de Chile (1782) y Compendio de la historia geográfica, natural y civil del Reyno de Chile (1788). En este último escribió que la cordillera de los Andes, al igual que los Alpes y los Apeninos en Italia, aportaba a la fertilidad de los campos chilenos a través de los diferentes ríos que nacían en ella. Recalcó que, culturalmente y por tradición, los habitantes del país relacionaban los fenómenos atmosféricos y tectónicos con la formación montañosa. Entre los elementos caracterizados por Molina destacaron las mayores alturas de la cordillera, sus volcanes activos, los valles andinos y su población, los ríos, el efecto climático de la cordillera sobre los valles, las fuentes termales y sus recursos minerales (Molina, Juan Ignacio. Compendio de la historia geográfica, natural y civil del Reyno de Chile. Madrid: Por Antonio de Sancha, 1788, p. 4-5).

Entre 1779 y 1786, el sacerdote franciscano Francisco Menéndez (1740-1801) realizó varias excursiones a la cordillera austral del reino de Chile en el contexto de conformación de nuevas misiones religiosas, específicamente en los fiordos y espacios cordilleranos de Hornopirén y Reñihue, frente al Archipiélago de Chiloé. Menéndez resaltó la explotación del alerce en esa zona, por parte de comunidades cercanas, las que comerciaban su madera (Menéndez, Francisco. Viajes de Fray Francisco Menéndez a la cordillera. Tomo I. Valparaíso: 1896-1900, p. 19-20).

Sus otras exploraciones se concentraron en la cordillera de Nahuelhuapi, por lo que ha sido reconocido como el primer explorador del periodo colonial en adentrarse en ese territorio para formar misiones en las comunidades indígenas que habitaban el lugar (Fonck, Francisco "Prefacio". Viajes de Fray Francisco Menéndez a Nahuelhuapi. Tomo II. Valparaíso: 1896-1900, p. XI-XIII). Los diarios de viaje de Menéndez, incluyeron un "Plano ilustrativo" que "sirve a la vez de adorno y de guía práctica a la presente obra: comprende un corte completo de la Cordillera, extendiéndose desde Calbuco hasta la confluencia de los ríos Limai y Colloncura. (…) da una clara idea de esta región, tan pintoresca como interesante bajo muchos conceptos y es un cuadro gráfico del desarrollo de su geografía" (Fonck, p. XIII).

En 1803 Juan Egaña (1769-1836), por entonces funcionario de la corona en Chile, escribió un informe titulado Minería y metalurgia colonial en el Reyno de Chile, documento dirigido al Real Tribunal de Minería y que constituyó un análisis preliminar de las riquezas mineras que contenía la cordillera, su distribución geográfica e influencia en la formación geológica y social del reino. Egaña definió a las montañas de la cordillera de los Andes como "las más elevadas de la tierra (…), divididas en tres cadenas paralelas" y que, en relación con la productividad del reino y la situación social, "son el depósito más abundante de cuantas riquezas minerales ha producido la naturaleza" (Egaña, Juan. Minería y metalurgia colonial en el Reyno de Chile: una visión a través del informe de don Juan Egaña al Real Tribunal de Minería en 1803. Santiago: AGD impresores, 2000, p. 24-25).

En su informe, Juan Egaña alertó sobre la falta de mineralogistas en el reino de Chile, razón por la que era difícil entregar un estado acabado de los minerales contenidos en las profundidades de la cordillera entre Atacama y Chiloé, aunque dicho trabajo había sido promovido por el Tribunal de Minería y se contrató personal para realizar exploraciones, quienes lograron dar cuenta de la existencia de plata, oro, cobre y otros minerales metálicos y no metálicos (Egaña, p. 28-29).

Estas descripciones coloniales de la geografía de Chile y, en específico, de la cordillera de los Andes, fueron fuente de consulta para los trabajos posteriores de científicos como Claudio Gay (1800-1873), Ignacio Domeyko (1802-1889), Pedro José Amado Pissis (1812-1889) y los hermanos Rodulfo Amando Philippi (1808-1904) y Bernardo Eunom Philippi (1811-1852), contratados por el Estado de Chile para desarrollar investigaciones botánicas, zoológicas, hidrográficas, geográficas, geológicas y mineralógicas.