Cuando el general Carlos Prats fue nombrado nuevo Comandante en Jefe del Ejército, en reemplazo del asesinado general René Schneider, el general Pinochet se convirtió en uno de sus más cercanos colaboradores, siendo nombrado en enero de 1972, Jefe del Estado Mayor y en octubre de ese año, Comandante en Jefe interino (por haber asumido el general Prats el Ministerio del Interior). El 29 de junio de 1973 ayudó a sofocar el llamado "tanquetazo", que fue un intento fallido de golpe de Estado encabezado por el coronel Roberto Souper, al mando del Regimiento Blindado N° 2 en contra del gobierno de Salvador Allende. El intento fue sofocado por el Comandante en Jefe del Ejército Carlos Prats y los generales Pickering, Sepúlveda y Pinochet.

Poco después, y privado del apoyo del cuerpo de generales, Carlos Prats renunció a la comandancia en jefe, siendo sucedido el 23 de agosto por el general Pinochet, por su propia recomendación al Presidente Allende.