El Ateneo de Santiago fue un "organismo asociativo de intelectuales" que funcionó entre las últimas décadas del siglo XIX y las primeras del XX (Bocaz, Luis. "Sub Terra de Baldomero Lillo y la gestación de una conciencia alternativa". Estudios Filológicos. Número 40, 2005, p. 18). Tuvo dos periodos de actividad, marcados por una pausa debido a la Guerra Civil de 1891, durante la cual "se paralizaron las actividades literarias: los escritores en su mayoría tomaron las armas en uno u otro Ejército y se acabó la vida intelectual existente" (Araneda, Fidel. "Don Samuel A. Lillo y El Ateneo de Santiago". Atenea. Número 397, 1962, p. 145).

El Ateneo se fundó el 1 de agosto de 1888. Junto al "Club del Progreso y la tertulia del diario La Época, a fines del siglo XIX formaban un núcleo fundamental de la sociabilidad cultural santiaguina" (Bocaz, p. 18). El Ateneo dependía de este club y las sesiones se realizaban en su sede, ubicada en el segundo piso del Banco Agrícola en la calle Huérfanos de la ciudad de Santiago.

Los integrantes del Ateneo se reunían una vez por semana, entre 9 y 10 de la noche y solo eran admitidos socios. Sus miembros eran investigadores, escritores y políticos, entre quienes se hallaban nombres como Enrique Nercaseaux y Morán (1854-1925), Ricardo Montaner Bello (1868-1946), Alfredo Irarrázaval Zañartu (1867-1934), José Toribio Medina (1853-1930), Carlos Luis Hübner (1862-1911), Luis Arrieta Cañas (1861-1961), Daniel Barros Grez (1834-1904), Pedro Balmaceda Toro (1868-1889), Luis Rodríguez Velasco (1838-1919), Eduardo de la Barra (1839-1900) y Julio Vicuña Cifuentes (1865-1936) (Araneda, p. 144).

Los asuntos tratados en el Ateneo eran variados, "desde recitaciones y lecturas hasta debates, algunos bastante encendidos. Se exponían y discutían temas de vanguardia, lo que indica una apertura hacia la modernización de la sociedad y del pensamiento" (Oses, Darío. "La conversación literaria: un capítulo de la historia de la lectura en Chile. Salones, tertulias, ateneos, en Chile, en los siglos XIX y XX". Anales de Literatura Chilena. Año 13, número 17, 2012, p. 47-48).

En 1889, el Ateneo de Santiago reinició su funcionamiento por iniciativa de Samuel Lillo (1870-1958). Este propuso a Diego Dublé Urrutia (1877-1967) la idea de volver a fundar la asociación, este, a su vez, comunicó la propuesta a "Emilio Rodríguez Mendoza y a Ricardo Montaner Bello; en abril de 1899, en las reuniones del diario La Tarde, resolvieron formar el nuevo Ateneo" (Araneda, p. 147).

El 1 de mayo de 1899 se realizó la sesión preparatoria en una casona ubicada en la esquina de las calles Alameda y Estado. Se decidió que Samuel Lillo fuera su presidente y Diego Dublé Urrutia su secretario (Araneda, p. 147). También se firmó el acta de fundación en la que se señaló que el propósito del Ateneo sería el cultivo de las "ciencias y de las Bellas Letras" y que quedaban "excluidas las cuestiones políticas militantes y las religiosas" (Lillo, Samuel. Espejo del pasado. Santiago: Nascimento, 1947, p. 153). Respecto a esta última precisión del acta, se ha planteado que la "refundación reflejaba aún temores del pasado conflicto", en alusión al cese de las actividades de la primera época del Ateneo, derivado de la Guerra Civil de 1891 (Bocaz, p. 18).

Durante su segunda etapa, el Ateneo funcionó como un "organismo de crítica y difusión de la producción cultural de sus asociados". Las actas de los primeros años de funcionamiento fueron publicadas en la Revista del Progreso (1888-1890), registros que "atestiguan una actividad que desborda de lo exclusivamente literario hacia diversos aspectos de la cultura nacional" (Bocaz, p. 18). Respecto al desarrollo de las sesiones, Rafael Maluenda (1885-1963), miembro de la asociación literaria, indicó que "una sesión del Ateneo no era algo improvisado y fruto de circunstancias fortuitas. Preparábamos nuestras sesiones, combinando trabajos en prosa y poéticos y tratando de que aquellos y estos acusaran temperamentos diversos de interpretación lírica y novelesca. Queríamos a nuestro público y cuidábamos de que sus impresiones fueran agradables y compensada su atención" (Maluenda, Rafael. "Algunos recuerdos del Ateneo". El Mercurio. 15 junio 1941).

En sus memorias, Espejo del pasado (1947), Samuel Lillo indicó que el Ateneo fue la "primera corporación literaria que tuvo asistencia femenina constante en sus sesiones de trabajo. El antiguo Ateneo había invitado señoras también, pero solo en dos o tres ocasiones memorables" (p. 158). Matilde Brandau (1879-1948) fue la primera intelectual en participar, instancia en la que presentó un trabajo sobre la "instrucción de la mujer, en que probó con hechos" -en palabras de Lillo- "que también en Chile una dama ilustrada podía, en completa igualdad con los más distinguidos profesionales, tratar, a fondo y con eficiencia, cualquier tema literario o científico". Otras intelectuales que intervinieron en el Ateneo fueron Amanda Labarca, quien presentó estudios críticos y conferencias; María Monvel (1899-1936), Juana Inés de la Cruz -seudónimo de Winétt de Rokha (1892-1951)- y Chela Reyes (1904-1988) leyeron poemas; también participó con una charla Inés Echeverría Bello (1868-1949) y Berta Lastarria Cavero (1883-1945), quien leyó una de sus leyendas (Lillo, p. 168-169).

En 1986, se recuperó la idea tradicional del Ateneo y un conjunto de escritores reiniciaron el funcionamiento de la asociación, bajo la dirección de Fernando González-Urízar (1922-2003), iniciativa que ha sido considerada como la "tercera jornada" de la agrupación de intelectuales (García-Díaz, Eugenio. "El Ateneo de Santiago, tradición y excelencia (1888-1991". Occidente. Número 345, 1992, p. 44).