Manuel de Salas Corvalán fue partidario de realizar reformas a la administración colonial en diversos ámbitos, sobre todo en lo relacionado a la economía y la educación. En el ámbito político, fue opositor al gobernador Francisco Antonio García Carrasco (1742-1813) y, más tarde, cuando el movimiento criollo hizo el llamado al cabildo abierto, se mostró a favor de la autonomía nacional. También participó en los sucesos que llevaron a la formación de la Primera Junta de Gobierno.

Durante el mes de marzo de 1811 circuló por Santiago un folleto titulado Diálogo de los porteros, atribuido a Salas por Miguel Luis Amunátegui (1828-1888), en el que defendía, a través de un dialogo ficticio, la legalidad de la Junta mientras el rey Fernando VII (1784-1833) estuviese cautivo por las fuerzas napoleónicas (Salas, Manuel de. "Diálogo de los porteros". En Escritos de Don Manuel de Salas y documentos relativos a él y a su familia. Tomo II. Santiago: Imprenta Cervantes, 1910, p. 129-149).

Ese mismo año fue parte del Primer Congreso Nacional como diputado por Itata, aunque meses después dejó vacante su cargo para dedicarse a otras actividades de carácter político, intelectual y educativo. El 15 de octubre de 1811 redactó y presentó al Congreso la solicitud que dio origen a la "Libertad de vientres", ley que prohibía la esclavitud en Chile. Ese mismo año es nombrado por los ciudadanos para ocupar un puesto en la Junta Gubernativa Provisional. Desde su rol parlamentario, Salas escribió e imprimió el texto Motivos que ocasionaron la instalación de la junta de gobierno en Chile (1811), distribuido en Chile y también en Cádiz, España, en el que se dio cuenta de los sucesos y decisiones tomadas por los criollos entre septiembre y diciembre de 1810.

Durante la dictadura de José Miguel Carrera (1785-1821), Manuel de Salas fue uno de los redactores y firmantes del Reglamento constitucional provisorio del pueblo de Chile (1812), primer ensayo de carta constitucional. Por su experiencia en asuntos comerciales y políticos, fue nombrado como Secretario de Relaciones Exteriores de la Junta Provisional, lo que le permitió entrar en contacto con la Junta de Buenos Aires, los patriotas criollos del Perú y las Cortes de Cádiz en España, con la intención de reforzar el apoyo al movimiento emancipatorio chileno. Además, fue designado como miembro de la comisión que fundó tanto la Biblioteca Nacional como el Instituto Nacional en 1813.

Tras ser destituido Carrera y reemplazado por Bernardo O´Higgins Riquelme (1778-1842) en el gobierno, Manuel de Salas se puso a sus órdenes como secretario y como consejero. El 17 de marzo, por decreto de O´Higgins, entró en funciones el Senado Consultivo, órgano encargado de legislar y aconsejar al gobierno, para el que Salas fue electo como uno de sus miembros.

Entre 1812 y 1814, publicó diversos artículos en los periódicos Aurora de Chile (1812-1813) y El Monitor Araucano (1813-1814) que dieron cuenta de los acontecimientos que llevaron a Chile a iniciar su proceso emancipatorio, defendió la creación de la Junta de Gobierno y se explayó sobre el derecho de los pueblos americanos a su independencia, así como intercambió ideas con Camilo Henríquez (1769-1825) sobre la independencia, los derechos ciudadanos y la libertad, entre otros asuntos (Salas, Manuel de. "Artículos periodísticos". En Escritos de Don Manuel de Salas y documentos relativos a él y a su familia. Tomo III. Santiago: Imprenta Cervantes, 1910, p. 2-21).

Luego del "desastre de Rancagua", que significó la principal derrota de las fuerzas patriotas, intelectuales y políticos como Salas fueron enviados al presidio de la Isla de Juan Fernández, donde estuvo hasta 1817. Desde prisión, escribió sus memoriales -compendiados en el tomo I de Escritos de Don Manuel de Salas y documentos relativos a él y a su familia (1910)-, dirigidos al general español Mariano Osorio (1777-1819), al gobernador Casimiro Marcó del Pont (1765-1819) y al rey Fernando VII en España. En estos textos, expresó el sentimiento colectivo respecto de la legalidad del movimiento criollo y la Junta, es decir, de los derechos que tenían como súbditos para realizar tales acciones y solicitar su libertad (Leal, Alejandra. "Los memoriales de Manuel de Salas: argumentos para la Independencia de Chile". Cuadernos de Historia. Número 30, 2009).

En la isla también escribió su Diario, en el que detalló su experiencia como prisionero político, hizo un recorrido histórico de los sucesos de la guerra y de la isla y entregó la lista de quienes lo acompañaron (Salas, Manuel de. "Diario (1777-1817)". En Escritos de Don Manuel de Salas y documentos relativos a él y a su familia. Tomo II. Santiago: Imprenta, Litografía y Encuadernación Barcelona, 1914).