La medicina científica se había desarrollado escasamente en Chile hasta los primeros años de la República. En este contexto, hacia 1826 el médico irlandés Guillermo Blest, escribió un artículo sobre el estado de la ciencia médica en Chile "con el objeto de hacer ver el despreciable estado en que se halla la educación médica en el país, y llamar la atención del público sobre un asunto tan importante". A juicio de Blest, nada se había descuidado tanto en este país como la educación médica pues no existía "un solo establecimiento para su enseñanza. Cualquier persona que por algún tiempo asista los hospitales de esta ciudad puede presentarse a un examen de su aptitud para ser practicante de medicina. Un barbero cualesquiera renunciando a su humilde profesión y trabajo se dedique a la asistencia de un hospital: que aprenda de memoria algunas frases médicas: lea las páginas de algún escritor antiguo, que se le enseñe que los pulmones están en el tórax, los intestinos en el abdomen,... ¿Y será creíble que haya quien considere que semejante estudio puede calificar a un individuo para el importante cargo de facultativo en medicina?". Entre las causas del abandono de la profesión médica señalaba: "la opinión tan generalizada de que los médicos no merecen aún hoy día, ocupar un puesto distinguido en la sociedad". Opinión que, según Blest, estaba en completa oposición con las ideas que tenía la ciencia moderna en Europa. Otra causa señalada por el médico irlandés fue el escaso sueldo que recibían los médicos por el ejercicio de su profesión, el cual además era fijado por la autoridad. Las indicaciones de Blest debieron esperar hasta 1833 para hacerse efectivas.

En 1833, con la idea de promover el estudio de las ciencias médicas en el país, "que aunque reconocidas en todas las naciones del mundo como de primera necesidad para la conservación de la vida ha sido descuidado en Chile", el Gobierno creó en el Instituto Nacional y en el hospital San Juan de Dios un curso de ciencias médicas que duraba seis años. Así, una de las características de la organización de la medicina en las primeras décadas del siglo XIX era la escasa relevancia de los "médicos científicos". Además de su reducido número, no se les consultaba en las decisiones que se tomaban respecto de la salud pública, encontrándose subordinados a las juntas de beneficencia y a las órdenes religiosas que administraban el funcionamiento interno de los hospitales. Junto a las órdenes religiosas existían además curanderos, charlatanes, hechiceros, machis, barberos y sangradores o flebótomos quienes según las prácticas terapéuticas de la época se dedicaban a extraer la sangre de los enfermos. No obstante, paulatinamente, los médicos europeos avecindados en Chile ejercieron una fuerte influencia en el desarrollo de las ciencias médicas de Chile. Durante la primera mitad del siglo XIX los principales fueron: Guillermo Blest (1800-1884), Nataniel Cox (1785-1869), Lorenzo Sazié (1807-1865), Julio Lafargue (1803-1850), Manuel Julián Grajales (1780-1855) y Juan Miquel (1792-1866). Asimismo, en 1869 se fundó la Sociedad Médica de Chile y en 1872 la Revista Médica de Chile, órganos encargados de difundir y de hacer progresar la ciencia médica en el país hasta nuestros días. Se estaba en un proceso de cambio de una medicina colonial a una medicina científica con formato y mentalidad europea que valoraba el conocimiento positivo como parte del progreso de la medicina. En esta perspectiva entre 1891 y 1925 se produjo el nacimiento formal de las ciencias biológicas y médicas en el país con la organización y establecimiento de los primeros laboratorios especializados en ciencias básicas, que fueron fundamentales en el desarrollo del positivismo científico de la medicina chilena. Destacan en este período por su aporte en la formación de médicos en el país, entre otros, Vicente Izquierdo (histología, que es el estudio de los tejidos animales y vegetales), Juan Noé (zoología médica), Francisco Puelma y Aureliano Oyarzún (anatomía patológica), Teodoro Muhm (fisiología), Lucas Sierra (cirugía), Augusto Orrego Luco (enfermedades mentales).

Por otra parte, desde entonces, muchos de los médicos pioneros y fundadores de la medicina científica positivista nacional tuvieron una destacada participación política, alcanzando cargos de diputados o senadores en el Congreso Nacional. Entre ellos se destacan, Adolfo Murillo, José Joaquín Aguirre, Adolfo Valderrama, Augusto Orrego Luco, Francisco Puelma, Vicente Izquierdo. Posteriormente, en pleno siglo XX, tres médicos postularían a la presidencia de la República: José Santos Salas (1925), Eduardo Cruz Coke (1946) y Salvador Allende (1952, 1958, 1964, 1970).

En síntesis el rol y protagonismo de los médicos en la vida nacional se transformó completamente a partir de la segunda mitad del siglo XIX pues cada vez sus opiniones influenciaron más en la salud, la política y la sociedad chilena. En la década de 1920 los médicos se convirtieron en los artífices del estado benefactor, pues el Estado requirió de sus servicios para dirigir la organización del sistema de salud nacional.