En su paso por la universidad, Ismael Valdés Vergara dedicó parte de su tiempo a realizar clases como preceptor en la Escuela Nocturna Benjamín Franklin para artesanos, obreros y sus familias. Esa iniciativa fue creada en 1862 por la Unión de Artesanos de Santiago (1841), una sociedad de socorros desarrollada en torno a la idea del apoyo mutuo y la mejora de las condiciones de vida de los sectores populares.

Desde sus inicios, la escuela necesitó de apoyo externo, primero de la Iglesia y luego de la acción filantrópica de la elite, sobre todo financiamiento para materiales de enseñanza y para mantener un cuerpo de profesores acorde con sus necesidades.

En 1876, el director de la escuela, Benjamín Dávila Larraín (1854-1899), señaló que el apoyo de los estudiantes liberales, entre ellos Ismael Valdés Vergara y su hermano Francisco, fue fundamental para su continuidad y funcionamiento. Debido a la falta de profesores y al abandono por parte de los eclesiásticos que allí hacían clases, la Unión de Artesanos "buscó entonces quienes quisieran darle esa limosna de enseñanza y la juventud respondió a su llamado organizándose un profesorado inteligente y laborioso que se consagró a la tarea de enseñar sin más expectativa que la íntima satisfacción del deber cumplido" (Dávila Larraín, Benjamín. La Escuela Benjamín Franklin, 1862-1876, Valparaíso: Imprenta del Deber, 1876, p. 6).

Según Dávila, esta escuela fue la primera en ser completamente laica y excluyó de su plan de estudios los cursos de religión y mantuvo una constante "propaganda liberal", es decir, la difusión de las ideas de libertad individual, desarrollo colectivo, valoración de la cultura y las ciencias, y la práctica del buen gobierno (Dávila, p. 16).

Ismael Valdés Vergara participó en este proyecto educativo dando clases de Historia de Chile y de América, Historia Universal y Derecho Constitucional, entre otras, además de participar en las denominadas "Conferencias Populares", exposiciones destinadas tanto para los estudiantes como para el público en general, en que se enseñaban temas de diversa índole. Algunas de las conferencias de Valdés Vergara fueron exposiciones biográficas de Manuel de Salas (1754-1841) y Benjamín Franklin (1706-1790), y otras temáticas como "El aire", "Intervención de Dios en los actos humanos y en los fenómenos de la naturaleza"; "La organización teocrática, Egipto, India, etc. La organización monárquica, ensayos de repúblicas, Grecia y Roma" (Dávila Larraín, p. 22-24).

Otro de los aportes entregados por Valdés Vergara a la escuela Benjamín Franklin fue la traducción del libro Viaje al país de la libertad. La vida comunal en Estados Unidos del abogado y escritor francés Luis Jacolliot (1837-1890). En una breve introducción, Valdés Vergara dejó claras sus intenciones al traducir y publicar ese libro, arguyendo que, a través de su lectura, los estudiantes y el público en general podrían tener una idea cabal de lo que significaba la corrupción y la falta de libertades en Chile. De tal modo, Valdés escribió que "los vicios" que en el libro "se combaten son los mismos que a nosotros nos aquejan, y el único remedio que contra ellos divisamos es el que en dicha obra está apuntado: la descentralización administrativa, y la libertad individual en lo que se relaciona únicamente con la persona e interés del ciudadano" (Valdés Vergara, Ismael. "A los lectores". En Jacolliot, Luis. Viaje al país de la libertad. La vida comunal en Estados Unidos. Santiago: Imprenta de la República, 1877, p. 3). El libro fue entregado a los estudiantes de la escuela Benjamín Franklin y puesto a la venta para la generación de fondos de la misma.

Desde 1874 Valdés Vergara fue miembro activo de la Sociedad de Escuelas Nocturnas para Obreros, dedicada a apoyar y financiar los proyectos educativos de las organizaciones populares. También fue socio de la Sociedad Protectora de Estudiantes Pobres (1897) -conocida luego como Liga Protectora de Estudiantes Pobres (1904)- que entregó becas a estudiantes de los sectores populares para insertarlos en colegios públicos y privados, además de ser también financista de la propia Escuela Nocturna Benjamín Franklin.

Respecto a su labor educativa y filantrópica, el político conservador Luis Alberto Cariola (1875-), al escribir la "Silueta moral" de Valdés Vergara tras su fallecimiento, destacó su afán por "instruir al pueblo, ilustrarle, educarle, dejarle la conciencia de sus deberes y enseñarle a ejercitar sus derechos, fue para el señor Valdés Vergara una suprema aspiración de bien público. Por ella realizó obras que perpetuarán su memoria y harán que miles de labios infantiles bendigan su nombre" (Cariola, Luis A. "Silueta moral de don Ismael Valdés Vergara". 5ª Compañía de Bomberos. Corona fúnebre de don Ismael Valdés Vergara. Santiago: Sociedad Imprenta y Litográfica Universo, 1919, p. 50).