Ismael Valdés Vergara fue contrario a José Manuel Balmaceda (1840-1891) y su gobierno. Su posición política lo llevó a tomar parte activa durante la Guerra Civil de 1891 como Secretario de la Junta de Gobierno formada en Iquique y, luego, como miembro del Estado Mayor del Ejército opositor.

Ese mismo año, cuando ya había terminado la guerra, Valdés Vergara publicó parte de sus memorias sobre los acontecimientos en Última jornada contra la dictadura: relación sumaria de las operaciones. 3 de julio a 28 de agosto de 1891. En este libro mostró su opinión respecto al presidente Balmaceda, al que denominó constantemente como "dictador", señalando incluso que Chile bajo su gobierno se había convertido en una "factoría de esclavos", y que solo a través de la confrontación violenta se había podido lograr nuevamente la libertad (Valdés Vergara, Ismael. Última jornada contra la Dictadura. Santiago: Imprenta Cervantes, 1891, p. 3-4).

Sus memorias, dedicadas a Diego Barros Arana, quien solicitó a Valdés Vergara que las escribiera, presentaron los sucesos ocurridos entre julio y agosto de 1891, principalmente las campañas militares y el enfrentamiento entre el ejército parlamentarista y el oficialista. Para Valdés Vergara, el movimiento desarrollado por los opositores a Balmaceda debió ser considerado como una revolución contra un tirano para asegurar la libertad del país (Valdés Vergara, p. 39-42).

Una edición posterior, publicada en 1896, fue acompañada por una introducción titulada "Recuerdos escritos cinco años después", en la que Valdés Vergara dio su opinión de los sucesos de la guerra, aunque manteniendo su oposición y sus críticas al gobierno y al bando balmacedista.

Como muchos otros políticos de aquel momento, Ismael Valdés Vergara rechazó las acciones de la administración de Balmaceda. Según su visión: "El Congreso, la Magistratura judicial, el ejército y todos los servicios públicos fueron asaltados por una turba hambrienta y corrompida, por advenedizos a quienes deslumbró la altura en que se imaginaron estar, y la liberalidad que se les otorgó de poner precio a sus propias conciencias. A ellos entregó Balmaceda lo único que pretendían, el precio de su lealtad, y todos, ciegos adoradores del éxito, ambiciosos sin escrúpulos, llegaron a creer que vivían en un país ideal, y solamente se preocuparon de mantener el régimen a que debían su exaltación y de conservar las pingües rentas que percibían mes a mes, además de las gratificaciones extraordinarias" (Valdés Vergara, p. 96-97).

Además, en sus recuerdos agregó que "se supo más tarde que muchos meses antes de enero de 1891 había concertado Balmaceda con sus palaciegos un golpe de estado, y que se llegó a fijar aun el día en que por medio de la fuerza debía impedirse el funcionamiento del Congreso" (Valdés Vergara, Ismael. "Recuerdos escritos cinco años después". La Revolución de 1891. Santiago: Editorial Francisco de Aguirre, 1970, p. 4).

En sus memorias se refirió también al plan de su hermano, Enrique Valdés Vergara, de asaltar el Palacio de La Moneda, dando un rápido golpe de Estado a Balmaceda para obligarlo a dimitir, pero este plan fue posteriormente rechazado por la oposición al gobierno (Valdés Vergara, p. 6).

Durante los primeros días de enero de 1891, Ismael Valdés Vergara se refugió en la casa quinta de Santiago Prado Bustamante, para luego viajar oculto a Valparaíso y desde ahí tomar rumbo por mar a la ciudad de Iquique en abril. Su posterior actividad opositora se desarrolló como funcionario directo del gobierno opositor y del ejército.

Desde los inicios de su viaje hacia el norte realizó un intercambio constante de cartas con Leticia Alfonso del Barrio, su esposa, y otros familiares. En una de estas cartas, enviada desde Iquique a pocos días de su llegada, Ismael Valdés Vergara escribió a su esposa, señalando que "la fe y confianza en el éxito que me animaban en Santiago, se ha robustecido aquí donde impera el orden y la ley, donde cada ciudadano es un soldado dispuesto a rendir la vida en defensa de las viejas instituciones que un desalmado tuvo la osadía de pisotear" (Valdés Vergara, Ismael. Una familia bajo la Dictadura. Epistolario. Santiago: Editorial Francisco de Aguirre, 1972, p. 31).

El 27 de agosto, la Guerra Civil terminó con el triunfo de los opositores y su ejército, con la dimisión del presidente Balmaceda y su posterior suicidio, junto con la persecución de los partidarios balmacedistas y el saqueo de sus residencias. Lo anterior significó el término del dominio presidencialista en Chile, dando paso al período denominado como República Parlamentaria.

Por su parte, Ismael Valdés Vergara volvió con su familia en Santiago y continuó con sus labores de abogado, bombero y sus actividades filantrópicas, sin intervenir en la política nacional hasta los primeros años del siglo XX.