Evangelización y extirpación de idolatrías
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El virrey Francisco de Toledo fue el principal propugnador de perseguir a los hechiceros y dogmatizadores indígenas para quienes buscaban imponer el Santo Oficio de la Inquisición. Como se constata en diversos documentos, visitas y causas, los administradores del virreinato buscaron extirpar las idolatrías a las huacas. El virrey Toledo trató de hispanizar a un grupo privilegiado del Cuzco y sus alrededores para posteriormente ejercer control sobre el resto de las comunidades. Señalando que "la cultura andina era idolatría" impuso en 1581, la evangelización y política de edificar nuevos pueblos de indios con trazado europeo donde debían reasentarse las dispersas comunidades indígenas que pasaron a llamarse doctrinas.