Joseph Greenberg señala que es posible clasificar todas las lenguas indoamericanas en tres familias: esquimo-aleutianas, nadené y amerindia. La familia amerindia, subdividida en seis unidades, contendría a la andina incluyendo seis grupos lingüísticos: el aymará, quechua, itucale-sabela (urarina-waorani), cahuapana-záparo, septentrional y meridional. Los miembros del grupo meridional serían cinco: yámana (yagán), patagón, genneken, alacalufe (kawésqar) y araucano. Este último grupo, a su vez, comprendería cuatro lenguas: araucano, mapuche, moluche y pehuenche.

Según Mary Key, la lengua mapuche se relaciona con el yagán y el kawesqar y, además, con otras lenguas de la zona sudamericana, como las familias pano-tacana y lenguas del oriente boliviano como la yuracaré y mosetén. Para investigadores como Eric Hamp y Luoisa Stark existen evidencia claras de que el mapudungun y las lenguas mayas de Centroamérica poseen un origen en común, al igual que otras lenguas del altiplano boliviano como el uruchipaya. Estas relaciones a larga distancia también han sido destacadas por Robert Croese quien señala la afinidad entre el arawak del norte de Sudamérica con la raíz del mapudungun.