Tras la muerte del brigadier Antonio Pareja (1752-1813), el virrey Abascal (1743-1821) organizó una nueva expedición militar con la finalidad de recobrar terreno. Para aquello, nombró como brigadier del ejército realista en Chile a Gabino Gaínza (1753-1829), comisionado para la tarea de terminar con la revolución chilena, pacificar el país y recuperar Santiago.

Gaínza llegó a Concepción en enero de 1814 y se unió a las fuerzas españolas organizadas por Juan Francisco Sánchez (1757-1821), derrotadas en las inmediaciones de Chillán y fuertemente disminuidas por el sitio que les impuso José Miguel Carrera (1785-1821) y luego de derrotarlos en la batalla de El Roble.

A Gaínza se le unieron un número importante de milicianos que se encontraban apostados en Chiloé. Se dirigió luego a Arauco para realizar un parlamento en Quilín con algunos líderes mapuche, con quienes pactaron un acuerdo que revitalizó antiguos tratados que la Corona había firmado con esas comunidades. Así, Gaínza logró reorganizar las fuerzas españolas, y, al mismo tiempo, formar guerrillas en toda la zona sur del país, las que fueron debilitando a los patriotas a través de ataques furtivos en los que fueron apresados José Miguel y Luis Carrera.

Mientras tanto, en Santiago se organizó una nueva Junta de Gobierno dirigida por Francisco de la Lastra (1777-1852), en reemplazo de Agustín Eyzaguirre (1768-1837), y se dio fin a la etapa política de la primera revolución, para dar paso a la etapa de la guerra frontal agudizada por los movimientos españoles desde el sur.

De la Lastra fue nombrado Director Supremo con amplios poderes políticos y militares, con la finalidad de hacer frente al estado de guerra del territorio. Gaínza, por su parte, avanzó hacia el norte pero fue interceptado por las fuerzas patriotas al mando de Bernardo O´Higgins Riquelme (1778-1842) y Juan Mackenna (1771-1814).

En ese encuentro se llevó a cabo la batalla de Cancha Rayada, a fines de marzo de 1814, convirtiéndose en una importante victoria para los españoles, mientras que los patriotas se recuperaron con una victoria en Quechereguas entre el 8 y 9 de abril. Desde un punto de vista militar, entre ambos bandos "se había llegado a una suerte de equilibrio de fuerzas. Sin embargo, noticias provenientes de España señalando la derrota de los franceses en Vitoria y augurando la posible vuelta de Fernando VII, sumadas a los triunfos alcanzados por los ejércitos realistas en la zona del Plata, en México y Venezuela, recomendaban una postura más cauta" para los patriotas (Jocelyn-Holt, Alfredo. La Independencia de Chile. Tradición, modernización y mito. Santiago: Planeta/Ariel, 2001, p. 177).

Tanto el bando patriota como el realista entendieron que la guerra se encontraba en un punto álgido, que produjo un mayor desgaste de tropas. En el primer caso, era necesario reagrupar a las fuerzas, formar nuevos batallones y coordinar a los cabecillas de Concepción y Santiago. Además, Carrera se encontraba apresado y era necesario organizar las tropas fieles a él y sus hermanos. Por su parte, los españoles necesitaron de nuevos contingentes, los que se encontraban de camino por mar desde el Perú.

Esto llevó a Gaínza y los generales chilenos a llegar a un acuerdo, propiciado por el comodoro inglés James Hillyar (1769-1843). Hillyar se encontraba en Valparaíso al mando del buque Phoebe y estuvo interesado en proteger el comercio entre Inglaterra, España y sus colonias americanas, para lo cual se trasladó hasta el Callao donde mantuvo una audiencia con Abascal. El tratado fue nombrado como "Tratado de Lircay" debido al punto geográfico de encuentro entre los ministros plenipotenciarios de ambos bandos -el río Lircay- y constó de 16 artículos con un marcado carácter político, tendiente a la autonomía chilena pero con permanencia al interior del imperio español, lo que se ha interpretado incluso como un acuerdo constitucional (Gay, Claudio. Historia de la Independencia Chilena. Tomo II. Paris: Imprenta de E. Thunot y Cía., 1856, p. 73-87).

A grandes rasgos, el tratado retrotraía la organización autónoma de Chile a la situación de 1812, con la conformación de la Junta de Gobierno de Santiago y el llamado a formar el Congreso Nacional; se le permitía a Chile elegir diputados para su representación en la Corte de Cádiz y se le exigía a los líderes patriotas el reconocimiento de la Constitución española de 1812 y a Fernando VII como rey; se ponía fin a los enfrentamientos bélicos con el retiro de las tropas enviadas por el virrey, las que se encontraban apostadas en Concepción, Valdivia y Chiloé; el intercambio de prisioneros; libertad de comercio entre los reinos americanos; la Corona y el virrey reconocerían el gobierno de Santiago, entre otras disposiciones (Torrente, Mariano. Colección de historiadores i de documentos relativos a la independencia de Chile. Tomo XV. Santiago: Impr. Cervantes, 1900, p. 328-333).

La consecuencia directa de la firma del tratado fue el repliegue de los españoles hacia el sur, mientras que Abascal se tomó el tiempo para organizar una nueva expedición liderada por el general Mariano Osorio (1777-1819), quien reemplazó a Gaínza con el cargo de general y gobernador, ya que el virrey determinó que el texto del tratado era contraproducente para los intereses españoles, por lo que destituyó a Gaínza y lo llamó a Lima para ser procesado por traición a la Corona y fue tratado como posible agente independentista. El proceso contra Gaínza ha sido compilado en los tomos XV, XVI y XVII de la Colección de historiadores i de documentos relativos a la independencia de Chile.

En el caso del ejército chileno, este se dividió en dos bandos tras el escape de José Miguel Carrera de la cárcel de Chillán, quien se dirigió a Santiago para dar un golpe de Estado a la Junta. Tras él fue O´Higgins y sus tropas y ambos bandos -ahora enemistados- se encontraron en el llano del Maipo. Luego de un enfrentamiento directo y tras conocerse la noticia del viaje de Osorio a Chile, ambos acordaron una tregua para combatir a los españoles, devolviendo el gobierno de Santiago a De la Lastra.

Osorio desembarcó en Talcahuano en agosto de 1814 y comenzó de inmediato la ofensiva contra los patriotas. La principal batalla, tras la llegada de nuevos refuerzos españoles, fue el denominado "desastre de Rancagua" en que se hicieron evidentes las divisiones entre O´Higgins y Carrera, ya que cada uno atacó por su cuenta desde diferentes flancos, sin mayor organización y apoyo mutuo, lo que debilitó la defensiva patriota.

Finalmente, Carrera abandonó la batalla con sus huestes, mientras que O´Higgins fue derrotado, lo que significó el comienzo del proceso conocido como Reconquista española y el exilio de los patriotas chilenos a Mendoza, donde se organizó el Ejército Libertador y el cruce de los Andes, bajo la dirección del gobernador mendocino José de San Martín (1778-1850).

Esta situación significó un golpe moral y físico para los chilenos y también perpetuó la guerra algunos años más, ya que el virrey fue incapaz de aprovechar el contexto político que abrió el "Tratado de Lircay" y tampoco pudo sacar réditos posteriores a la división interna de los patriotas, ya que nunca se propició la guerra civil que esperaba, puesto que las diferencias entre los caudillos no fueron tan profundas en aquel periodo como los líderes españoles esperaban. En ese sentido, Abascal continuó una política de invasión militar, pero descuidó el entendimiento político con la elite chilena, que fortaleció su sentimiento patriótico luego de los abusos cometidos por Osorio, y, posteriormente, por Francisco Marcó del Pont, su sucesor (Jocelyn-Holt, p. 183-186).