El extenso territorio brasilero estaba habitado por una cantidad asombrosa de etnias diferentes. La gran mayoría de las lenguas habladas por estos pueblos pertenecían a los troncos lingüísticos tupí y macro-gê, aunque existían al menos unas 20 familias lingüísticas más.

Ante la diversidad y complejidad de las lenguas habladas en el país, los misioneros optaron por utilizar el tipunambá, un idioma de la familia tupí-guaraní hablado en la costa central de Brasil, como lengua franca para la comunicación entre los distintos pueblos indígenas. En 1595, el sacerdote jesuita José de Anchieta escribió la primera gramática tupí titulada Arte de grammatica da lingua mais usada na costa do Brasil, a la que siguió en 1621 un Arte de grammatica da lingua brasilica escrito por Luis Figueira.

La lengua tupí que difundieron los misioneros jesuitas a partir de las obras de Anchieta y Figueira era un dialecto en gran parte creada por ellos. La lengua geral amazônica, como era llamada la versión estandarizada del tupí, fue utilizada extensamente por gran parte del territorio amazónico, tanto por los misioneros como por los bandeirantes que exploraban la selva en busca de oro, diamantes y esclavos.

Más allá del tupí, una de las pocas lenguas amazónicas que fueron estudiadas por los misioneros fue la de la etnia kariri, perteneciente al tronco lingüístico macro- gê. En ese sentido, destacaron las obras del jesuita Ludovico Vicenzo Mamiani, Arte de grammatica da lingua brazilica da nacão Kiriri. (1699) y de Bernardo de Nantes, Catecismo da lingua kariris (1709).

En 1758, la corona lusitana impuso el aprendizaje de la lengua portuguesa en todos sus dominios americanos, prohibiendo el uso de lenguas indígenas. Al año siguiente, la expulsión de la Compañía de Jesús de Brasil marcó el inicio de la declinación de la lengua geral amazônica, que aún sobrevive en la región del alto río Negro, en un pequeño grupo étnico que la adoptó como lengua materna durante el período colonial.