El 21 de abril de 2007 un sismo magnitud 6 afectó a Aysén, dejando diez fallecidos y provocando daños menores en infraestructura. Pese a su magnitud moderada, el terremoto gatilló un deslizamiento de tierra que generó un tsunami local. Las víctimas se produjeron en su mayoría por este tsunami en el Fiordo de Aysén, con olas de hasta seis metros de altura. Geológicamente, la zona es atravesada por la falla Liquiñe-Ofqui, nacida en la triple unión de las placas Sudamericana, de Nazca y Antártica, ubicada cerca de la península de Taitao. Este sismo motivó la posterior creación del Centro Sismológico Nacional, organismo heredero del antiguo Servicios Sismológico, que fue reformulado.

El 14 de noviembre del mismo año un terremoto magnitud 7,7 asoló a Tocopilla, afectando principalmente a esa ciudad nortina y a María Elena. Aunque no hubo tsunami, en Tocopilla hubo dos muertos y aproximadamente mil damnificados. Además, se vivieron graves problemas de abastecimiento de agua potable durante varios días, ocasionando la molestia de sus 22 mil habitantes. La ex oficina salitrera María Elena, a su vez, tuvo serios daños en edificios patrimoniales. En la capital regional, Antofagasta, sólo se registraron perjuicios menores. Hubo 15 mil damnificados en toda la zona del desastre, incluyendo el litoral y el interior.