Un tema al que Ricardo Krebs dedicó especial atención fue la historia de la Iglesia Católica en Chile y América Latina en el siglo XIX, y su posición frente al proceso de secularización que llevaron a cabo los gobiernos liberales del continente durante dicho período.

Sus investigaciones se plasmaron en numerosos artículos, publicados en revistas especializadas y de divulgación, así como en su participación en la obra colectiva Catolicismo y laicismo: las bases doctrinarias del conflicto entre la iglesia y el estado en Chile, 1875-1885, en donde reflexionó sobre las bases de la construcción del Estado moderno en Chile y el papel que jugó la Iglesia en ese proceso.

Los diversos estudios que realizó sobre la historia de la Iglesia Católica durante el siglo XIX fueron reunidos y sistematizados en La iglesia de América Latina en el siglo XIX, que publicó el año 2002.