La Orden de los Franciscanos nació en Europa en el año 1209. Fue fundada por San Francisco de Asís como una orden mendicante que, a través de la realización de un voto total de pobreza, renunciaba a todo tipo de propiedad, colectiva o individual.

Al igual que los dominicos, fueron solicitados por Pedro de Valdivia para venir a Chile. Fue así como llegaron en 1551-1552, albergándose en una ermita, llamada de la Virgen del Socorro, ubicada a los pies del cerro Huelén (hoy cerro Santa Lucía) en Santiago, lugar que más tarde se convertiría en el primer convento de la orden y en el centro de encuentro de las misiones evangelizadoras. El solar de los franciscanos se extendía desde La Cañada (actual Avda. Alameda) hasta lo que hoy es Avenida Matta, por el sur, y hasta la actual calle San Diego hacia el poniente. En este terreno, que entonces se encontraba fuera del área urbana, se erigieron varias construcciones: la iglesia -que permanece en pie hasta ahora- el convento, que resguarda la importante serie de pinturas coloniales que retratan la vida de San Francisco de Asís, fundador de la orden, pintadas por Basilio Santa Cruz y traída desde Perú en el siglo XVII. Se construyó también el colegio de San Diego (donde hoy se ubica la Casa Central de la Universidad de Chile) y un recinto hospitalario que la misma orden administró, llamado Hospital de Nuestra Señora del Socorro que se transformó años más tarde en el Hospital San Juan de Dios.

Los franciscanos también se posicionaron en otros lugares de Chile, como fue el convento de la Inmaculada Virgen de la Concepción en Penco hacia el año 1553. En el año 1645 fundaron el convento de la Recoleta Franciscana, ubicado en el lado norte del río Mapocho, en el barrio de la Chimba. Esta era una casa de retiro, muy anhelada por los hermanos de la orden, como lugar en donde poder entregarse a la reflexión y la oración.

Durante el siglo XVIII, en el año 1786, comenzaron a dirigir el Real Colegio de Naturales de Chillán, administrado por los Jesuitas antes de su expulsión, en el que otorgaban educación a los hijos de caciques indígenas con el fin de convertirlos al cristianismo y con el objetivo de que los mismos indígenas propagaran la religión entre los miembros de sus comunidades.