Durante el siglo XIX no sólo se fundaron nuevos hospitales, sino que se modernizaron y emplazaron en nuevos edificios los ya existentes. Entre las fundaciones más destacadas se encuentra la Casa de Orates (1852) y el traslado en 1859 del Hospital San Borja a un nuevo edificio en la Alameda, al este del Hospital San Juan de Dios, edificio que perduró hasta 1976. Ambos centros hospitalarios se encontraban en Santiago, al igual que el Hospital San Vicente de Paul, inaugurado en 1874 y que se emplazó en el costado sur de la Escuela de Medicina. Este hospital tuvo en sus primeros años diversos usos, como la atención a los enfermos de viruela en la epidemia de 1877, la asistencia a los heridos de la Guerra del Pacífico y como albergue de los prisioneros de la guerra. Al estar ubicado junto a la Escuela de Medicina de la Universidad de Chile, no tardó en convertirse en el Hospital Clínico universitario. En 1872 comenzó a construirse el Hospital del Salvador y en 1887 se inauguró el Hospital San José, ambos en la capital. Por su parte, en Valparaíso se inauguró el Hospital San Agustín, en 1893.