Como académico e investigador, Eugenio Pereira formó a una gran cantidad de historiadores como Álvaro Jara, Rolando Mellafe y Cristián Guerrero, a la par que abrió nuevas sendas en el desarrollo de la historiografía chilena, en particular en el ámbito de la historia cultural y de la vida cotidiana.

Recordado como un gran maestro, su método histórico fue la búsqueda de erudición en libros, vivencias, y amenas conversaciones a través de las cuales transmitía sus conocimientos con humildad y sobriedad. En palabras de Regina Claro Tocornal; "Más que un historiador, Eugenio Pereira Salas fue un humanista; quiso conocer al hombre a través de todas sus manifestaciones, desentrañar sus motivaciones íntimas, aspirando a una comprensión integral de la cultura" (Claro Tocornal, Regina."Don Eugenio Pereira Salas", El Mercurio (Santiago), 22 de noviembre 1989, p.A2).