Con la participación de capitales magallánicos, en 1903 se creó la Sociedad Industrial de Aysén (SIA), la que obtuvo el arrendamiento de los valles de Ñirehuao, Coyhaique y Mañihuales, en la zona central de Aysén. La región, que ya había sido prolijamente explorada por Enrique Simpson y Hans Steffen durante el último tercio del siglo XIX, tenía buenas posibilidades de explotación ganadera; y el compromiso de sacar la producción por el Pacífico fue cumplido tras ingentes esfuerzos que permitieron habilitar una senda desde las planicies orientales hasta el estero Aysén, en donde instalaron un embarcadero -el futuro Puerto Aysén- y una línea regular de transporte marítimo entre éste y Puerto Montt. La sociedad concesionaria instaló el casco central de la estancia en la confluencia de los ríos Simpson y Coyhaique; y hacia 1914 ya se encontraba en plena producción. Sin embargo, a poco andar comenzaron los problemas con colonos particulares que se habían establecido espontáneamente en la región, particularmente en Valle Simpson. En 1928, se estipuló un nuevo contrato de arrendamiento entre el Estado y la SIA, por medio del cual buena parte de las tierras volvieron al fisco, alargándose la concesión por 15 años, a partir de 1932. En el antiguo casco central de la SIA se fundó, en 1929, el pueblo de Baquedano, que poco después pasaría a llamarse Coyhaique.

Durante todo el siglo XX, Coyhaique y el valle Simpson fueron las zonas más pobladas de Aysén. Sin embargo, la quema de vastas extensiones de bosque nativo para limpiar el terreno dio lugar a una verdadera catástrofe ecológica que hasta hoy se observa en la zona.