Desde su juventud Alejandro Lipschütz se sintió atraído por las ciencias sociales. Estando en Chile, y en paralelo a sus investigaciones científicas, realizó innovadores estudios de los pueblos originarios inscritos en la corriente Indigenista. Realizó contundentes aportes a la Antropología social y física, a la Etnografía y Etnohistoria, cuando el desarrollo de estas disciplinas estaba solo circunscrita a museos y sociedades científicas y todavía no se ampliaba como estudio académico-universitario.

En su trabajo titulado Indigenismo y raza india (1937), Lipschütz afirma que las valoraciones raciales, tales como las calificaciones de superioridad o inferioridad, son de orden social y no tienen sustento biológico. Posteriormente, en 1946, realizó un viaje a la Patagonia para hacer estudios sobre los indígenas de Tierra del Fuego, demostrando que ellos poseían el mismo grupo sanguíneo que los del resto de Chile, y que en los casos que poseían un grupo sanguíneo distinto existían antecedentes de mestizaje con blancos. Luego de esta experiencia elaboró el concepto de Transmutación Étnica, el cual fue expuesto y desarrollado por Lipschütz en distintas publicaciones en revistas internacionales.

Además de las particularidades de los grupos étnicos y el mestizaje, Lipschütz también abordó el problema de la propiedad indígena y su marco jurídico. Su conocimiento sobre estas materias llevaron a Salvador Allende a pedir su asesoría en la redacción del proyecto de ley indígena que derivó en la Ley 17.729 publicada el 26 de septiembre de 1972.