El 28 de agosto de 2006, Gabriel Salazar recibió el galardón que lo coronaba como Premio Nacional de Historia, de manos de Yasna Provoste, Ministra de Educación de ese entonces. Con este premio, el historiador era reconocido por sus largos años de investigación, por incorporar nuevos sujetos a la historia y, también, por sus propuestas teóricas y metodológicas.

La prensa nacional dedicó varios artículos a la entrega de este premio que, además, produjo diversas reacciones entre los historiadores