El espíritu de la Iglesia se contrapuso a la progresiva corriente secularizadora que recorrió el mundo occidental de la mano de la modernidad. Así surgió una corriente clerical conservadora, cercana a la Santa Sede y opuesta al liberalismo, que entró al juego político bajo el nombre de "ultramontanismo". Ciertos sectores liberales y radicales veían en la Iglesia una institución proselitista, empecinada en triunfar sobre el mundo civil y que no estaba dispuesta a coexistir con el pensamiento secular que, para ellos, se convertía en enemiga de las ideologías de su tiempo.

A partir de la década del 30, el clero nacional se apartó del regalismo para volverse ultramontano. Desde esta posición aspiraba a liberar a la Iglesia del patronato, pero conservando su poder temporal y privilegios. El principal representante y promotor de esta tendencia fue el arzobispo Rafael Valentín Valdivieso y, a su muerte, el presbítero Joaquín Larraín Gandarillas.

Para los representantes del ultramontanismo, el liberalismo era la herejía de los tiempos modernos porque ponía en un mismo plano la verdad y el error, induciendo al relativismo y al indiferentismo. Su diagnóstico era que, a partir de la Revolución Francesa, el racionalismo y el liberalismo habían roto el orden natural deseado por Dios, desencadenando el individualismo, gracias al cual triunfó el egoísmo y la anarquía, fuente de la injusticia que engendraba la dominación de los ricos sobre los pobres, de los fuertes sobre los débiles.