La colonización del Nuevo Mundo supuso la introducción de instituciones que organizaran y aseguraran el gobierno, la explotación de las nuevas riquezas y la expansión del catolicismo. La Encomienda fue una de ellas. De origen medieval y castellano, ampliamente utilizada en Europa durante la reconquista de la península ibérica en el siglo XV, la Encomienda fue readaptada en el contexto americano y chileno del siglo XVI. En teoría fue normada según las disposiciones del llamado derecho indiano.

En recompensa por los servicios militares y financieros proporcionados durante la conquista, la Corona concedió encomiendas a los conquistadores. Estas correspondían a repartimientos de indios, es decir, un conjunto de población nativa organizada a través de caciques o curacas. Cada encomendero estaba autorizado de percibir tributos de los indios asignados. A cambio estaban obligados a proteger y evangelizar a los indios, quienes eran considerados como incapaces relativos, es decir, como menores de edad.

La implementación de la Encomienda adquirió matices distintos según cada región donde fue aplicada. En Chile la obtención de tributos por parte de los indios fue muy difícil dada las condiciones económicas y sociales iniciales. Por esta razón predominó la llamada Encomienda de servicio que, en vez de la entrega de tributo, consistió en servicio personales que los indios realizaban como mano de obra, predominantemente en lavaderos de oro. La obtención de una Encomienda se transformó así en un decisivo estímulo para la colonización, deseada por numerosos conquistadores. Por su parte, los encomenderos debieron auxiliar con sus indios durante la Guerra de Arauco, previo a que fuera formado un ejército profesional.

Las repercusiones de las encomiendas fueron particularmente negativas para los indígenas, quienes fueron abusados y cruelmente tratados. En general la Encomienda implicó el desarraigo, la concreta privación de la libertad y el descenso demográfico de los sectores indígenas, por lo que ya en pleno siglo XVI surgieron voces que cuestionaron el sistema y buscaron regularlo a través de tasas, como la de Santillán o la de Gamboa.

Temiendo que se transformaran en beneficios hereditarios perpetuos que forjaran en América una aristocracia terrateniente poderosa, autónoma y de difícil control, la Corona limitó la herencia de la Encomienda solamente a dos generaciones. En Nueva España y en Perú, los conquistadores se rebelaron con el fin de perpetuarlas, estableciendo un régimen de carácter señorial, participando Pedro de Valdivia por el bando monárquico en una de ellas.

En Chile las encomiendas fueron conferidas directamente por los gobernadores, a diferencia de las mercedes de tierras que suponían el derecho de propiedad y que eran entregadas por el cabildo.

Debido al temprano agotamiento de la actividad aurífera, la encomienda chilena, basada en la servidumbre del indio, derivó en faenas agropecuarias, siendo crucial para la formación del espacio rural. En el siglo XVII el sistema de encomienda fue extendido con variantes al norte de Chile (La Serena, Copiapó), Cuyo, Chiloé y la zona central, garantizando el acceso a mano de trabajo o la recepción de una pensión para los encomenderos herederos. En el siglo XVIII, debido a múltiples factores ligados con la dispersión y ruralización de los indios, la mantención de los abusos, el mestizaje, entre otros, la institución fue decayendo hasta que finalmente fue abolida por Ambrosio O'Higgins mediante un edicto del 7 de febrero de 1789, en plena era borbónica, que fue ratificado por la corona en 1791, fecha en que se concretó su abolición definitiva.