La celebración de las primeras elecciones de la FECH, durante la dictadura militar, permitió al movimiento estudiantil organizarse públicamente como opositores al régimen. En este sentido, la base del programa de la Federación fue la recuperación de la democracia, tanto en la universidad como en el sistema político institucional.

Para ello, la Federación se movilizó contra la designación de rectores por Augusto Pinochet, contra la imposición de la Reforma Educacional de 1981 y la represión de la autonomía estudiantil. La Federación enfatizó en la necesidad de unificar a todos los sectores políticos de oposición en las movilizaciones convocadas por ellos. Estas, denominadas "formas de lucha estudiantil", se caracterizaron por una rigurosa organización, dividida en tres niveles: expresiones de lucha de masas -marchas, barricadas, asambleas y actos culturales-, la paralización total o parcial de las actividades académicas y, finalmente, la participación del movimiento en las jornadas de protesta nacional.

En este contexto, también destacó el asociativismo entre la FECH y el Arzobispado de Santiago. Sus diversos encuentros constituyeron un espacio de resistencia y de denuncia a la violación sistemática de los derechos humanos y la represión ejercida por la institucionalidad de la dictadura. Además de constituir un espacio en el que se discutieron y elaboraron propuestas de salida política a la dictadura.

En el transcurso de este proceso de lucha, las manifestaciones de la FECH fueron escenario de actos de violencia y represión por parte de las Fuerzas Armadas, lo que se manifestó en las recurrentes detenciones de sus dirigentes y colaboradores. Una de las más violentas, fue durante la ejecución de los Trabajos Voluntarios de 1985, que culminaron con el asesinato del estudiante de ingeniería Patricio Manzano. Destaca también, en el proceso de recuperación de la democracia, las movilizaciones estudiantiles de 1986 contra el proyecto de racionalización de la Universidad de Chile. Impulsado por el rector designado, José Federici, tenía como objetivo la privatización de parte de la Universidad de Chile y la transformación de sus facultades en nuevas universidades especializadas. Estudiantes, profesores, administrativos e incluso el Consejo Universitario, iniciaron masivas movilizaciones en oposición al proyecto de Federici, quien finalmente renunció tras solo 69 días en el cargo.