Héctor Croxatto reconoció a Eduardo Cruz-Coke como su maestro. Se conocieron en el curso de Química Fisiológica dictado por Cruz-Coke. El joven profesor tenía un novedoso ideario para la época, hablando de la importancia de la ciencia para el desarrollo del paí, y estando siempre al tanto de los últimos descubrimientos científicos que acontecían en Europa. Cruz-Coke consideraba que la ciencia tenía un sentido social y su desarrollo en Chile era la clave para promover la independencia cultural del país.

Croxatto y un grupo de compañeros se ofrecieron como ayudantes para su cátedra en donde comenzó una relación de amistad entre maestro y discípulo que los acompañaría de por vida. Cruz-Coke fue un permanente apoyo a lo largo de la carrera académica y personal de Croxatto. Fue él quien lo convenció a dedicar la vida a la investigación y lo recibió en el Instituto Sanitas cuando se graduó de medicina. Asimismo, en 1938, patrocinó a Croxatto para que mostrara sus resultados en el Congreso Mundial de Fisiología realizado en Suiza, y por ello es mencionado como el primer chileno en exponer su trabajo en un congreso científico internacional. Ya en 1976, luego de la muerte de Cruz-Coke, Croxatto ocupó el puesto que este dejó en la Academia Pontificia de Ciencias.