Como estudioso aplicado, Emilio Vaïsse realizó más de un estudio en torno a los temas del lenguaje. Su Glosario de la lengua atacameña o cunza fue, al igual que el Diccionario Latino Hebraico, elaborado durante su permanencia en San Pedro de Atacama. Este texto lo realizó en colaboración con Félix Hoyos y Aníbal Echeverría y Reyes.