A partir de 1818 el gobierno de Bernardo O´Higgins Riquelme (1778-1842) se propuso consolidar la independencia nacional, controlar lugares como Chiloé, el Estrecho de Magallanes y unificar el territorio hasta la Patagonia. Frente a esta decisión, algunos mapuche se aliaron con la resistencia española, principalmente las fuerzas lideradas por los toqui Juan Francisco Mariwán (Marihuán o Mariluán) (1735-1836) y Juan Mañilwenü (Mangil Wenu o castellanizado como Mangin Hueno o Mañil Bueno) (1790-1862), quienes respondieron al llamado de fidelidad a la corona y respeto de los acuerdos coloniales hechos con el militar monarquista Vicente Benavides (1777-1822). Estos se enfrentaron al ejército de Ramón Freire Serrano (1787-1851) y José Joaquín Prieto Vial (1786-1854) en la denominada Guerra a Muerte (1819-1822), apoyados por los líderes mapuche pro-republica Lorenzo Kolüpi, Venancio Coñuepán y Juan Ñiyanama. Este conflicto duró hasta el Parlamento de Tapihue en 1825, que significó la tregua militar y política entre el pueblo Mapuche y el Estado de Chile, relación que no estuvo exenta posteriormente de ataques y enfrentamientos esporádicos (Pairican, Fernando. Toqui. Guerra y tradición en el siglo XIX. Santiago: Pehuén, 2020).

Hasta 1850 se mantuvo al interior de la sociedad mapuche una rencilla tribal entre el liderazgo de Mañilwenü y el de Kolüpi. Este último acrecentó las alianzas con los gobiernos de Prieto y Manuel Bulnes Prieto (1799-1866), mientras que el liderazgo de Mariwán se desvaneció tras el fracaso federalista y sus intenciones de ser diputado de la república. El recuerdo de la Guerra a Muerte, los ataques o malones a las localidades y haciendas criollas y la muerte de líderes militares chilenos, llevó a las autoridades a cambiar su visión sobre la "cuestión mapuche".

Así, la opinión pública chilena pasó de la imagen idealizada del "araucano" valiente, organizado y aguerrido, mito fundacional de la república mestiza -que encontró en La Araucana de Alonso de Ercilla y Zúñiga (1533-1594) y sus estudios posteriores un relato originario-, a definirlos como bárbaros, violentos, paganos e incivilizados, con lo que se construyó un discurso racializado que justificó el posterior proceso de ocupación. En el caso de la familia Kolüpi, esta sirvió constantemente a los gobiernos chilenos, asegurándose así un puesto de poder, prestigio y riqueza al interior de su pueblo. Uno de sus hijos, Llankülef Kolüpi -rebautizado por los chilenos y castellanizado su nombre como Juan Lorenzo Colípi- sirvió incluso en el ejército chileno en la guerra contra la Confederación Perú-Boliviana (Pairican p. 91-107).

Debido al avance colonizador chileno en territorio mapuche, muchos ñidolongko o líderes tribales propusieron el desarrollo de un levantamiento general, que, sin embargo, no se concretó en la década de 1840 y fue aplacado por el ejército nacional y las fuerzas de Kolüpi. A partir de aquello, como método de intervención territorial y social, se repusieron en 1845 las misiones religiosas encargadas de educar y "civilizar" a los mapuche, siendo la primera en reconstruirse la Misión de Tucapel. Se implementó también la llamada "colonización espontánea", es decir, la ocupación de la frontera por terratenientes criollos, mientras que en el ámbito político se creó la institución del "Cacique Gobernador", encargados de administrar el territorio y controlar las actividades de las comunidades. Estas estrategias constituyeron la denominada "política indígena" del gobierno de Bulnes.

Lo anterior, sumado al poder político, militar y tribal de Kolüpi y la posición expectante de Mañilwenü, permitieron la paz durante un tiempo, sin embargo, poco a poco esta política se agotó debido a las rencillas internas del conservadurismo y el desgate militar, la reestructuración del bando político liberal y la muerte del propio Kolüpi, presuntamente causada por un agente de Mañilwenü. Este último fortaleció su liderazgo y retomó su plan de levantamiento general (Pairican, p. 111-124).

Por su parte, la oligarquía terrateniente de Concepción y Chillán presionó al gobierno central para cambiar de estrategia, puesto que la economía nacional necesitaba de los recursos naturales, las tierras de cultivo, la ganadería y la explotación del carbón mineral. En ese contexto, Mañilwenü invadió las tierras de los mapuche aliados del Estado durante el año 1850, sobre todo contra Pedro Kolüpi, quien presuntamente había asesinado al hermano de Mañilwenü en uno de los malones.

Para calmar a las autoridades, mantuvo correspondencia con José María de la Cruz (1799-1875), Intendente de Concepción, militar y candidato a la presidencia. Mientras esa alianza se concretó en el sur, en Santiago se produjo la revuelta liberal en abril de 1851 que se extendió rápidamente al resto del país. Concepción, liderada por De la Cruz, se sumó a la rebelión en septiembre, luego de perder la presidencia frente a Manuel Montt Torres (1809-1880).

Mañilwenü se unió a las fuerzas del sur contra el ejército de Bulnes y enfrentó a las familias Catrileo, Meliñ y Kolüpi, mientras el ejército de De la Cruz recibió refuerzos del nuevo Intendente, José Antonio Alemparte (1799-1866), incluyendo entre estas fuerzas militares a Cornelio Saavedra (1821-1891).

Tras diversas batallas e intrigas entre bandos, detalladas en su mayoría por Tomas Guevara Silva (1865-1935) en el tomo III de su Historia de la civilización de Araucanía (1900-1902), el conflicto se decidió en diciembre de 1851, cuando el general Bulnes derrotó a las tropas del ejército sureño en Loncomilla. Mientras, los chilenos se rindieron y firmaron un tratado de paz y capitulación que reconoció el gobierno de Montt -quien firmó una ley de amnistía-, Mañilwenü escapó al interior, reorganizó sus fuerzas y atacó las tierras de los Kolüpi. Para recomponer confianzas con el gobierno, permitió el retorno de las misiones y aceptó sin mayores reparos la creación en 1852 de la Provincia de Arauco, lo que significó dar administración política al territorio y la militarización de la frontera (Pairican, p. 160-163).

Si bien entre 1852 y 1859 hubo un periodo de paz entre el Estado y los mapuche, el avance de la frontera hacia el sur del Bío-Bío afectó los intereses de los ñidolongkos a partir de la "colonización espontánea", que se prestó para el fraude y compra ilegal de tierras indígenas a partir del mal uso de la Ley de Colonización (1845) por funcionarios públicos y terratenientes. Lo mismo ocurrió con la colonización alemana desde Valdivia hacia el interior y el sur.

Frente a aquello, y, tomando en cuenta el nuevo contexto de revuelta contra el gobierno de Montt, los mapuche del interior llevaron a cabo un levantamiento general en noviembre de 1859, que arrasó con las ciudades de Negrete, Angol, Los Ángeles, Nacimiento y el fuerte de Arauco y puso en peligro a Concepción. Mientras el gobierno intentó aplacar la revolución en el norte, envió emisarios al sur para buscar la paz con el toqui Mañilwenü, la que se firmó en 1860 a cambio de poner fin a las transacciones irregulares de tierras (Bengoa, José. Historia del pueblo mapuche. Siglos XIX y XX. Santiago: LOM, p. 2017, p. 167-169).

Tradicionalmente se definió los levantamientos indígenas de 1851 y 1859 como parte de una alianza federalista entre liberales y familias mapuche. Sin embargo, autores como José Bengoa han relativizado esa tesis, señalando que "los federalistas del sur veían en los mapuches una fuerza movilizable en función de intereses políticos comunes; los mapuches (…) veían en los federalistas un grupo político que les daría mayores oportunidades de sobrevivir como pueblo" (Bengoa, p. 169), idea a la que se suma el historiador mapuche Fernando Pairican, quien señala que "fue una alianza estratégica para un fin mayor: resquebrajar la hegemonía del Norte", debilitar la presencia chilena en Fütalmapu (Butalmapu, organización de la confederación mapuche para la guerra) y restaurar el antiguo orden que los mapuche alcanzaron en el período colonial a partir de la política de parlamentos (Pairican, p. 159-160).