Uno de los mayores desafíos de la actividad misional era el conocimiento de la lengua mapuche. Los jesuitas pusieron especial énfasis en ello, procurando adaptar las enseñanzas cristianas a la cultura mapuche dentro de un cierto rango de tolerancia.

Las primeras obras sobre la lengua mapuche -mapudungun- fueron escritas por el sacerdote jesuita Luis de Valdivia a principios del siglo XVII. En 1606, publicó su obra Arte y gramatica general de la lengua que corre en todo el Reyno de Chile, en donde se incluía también un breve vocabulario y un confesionario en mapudungun para el uso de los misioneros destinados a la Araucanía. La obra, que fue reeditada en 1684, se complementó con un Sermón en lengua de Chile, dividido en 9 partes y que fue publicado en 1621.

En el siglo XVIII se publicaron dos nuevas gramáticas de la lengua mapuche. La primera de ellas fue escrita por el jesuita Andrés Febres y fue publicada en 1765 en Lima. La segunda obra, escrita en latín, fue escrita por el jesuita alemán Bernardo de Havestadt y publicada en Europa en 1777. En las últimas páginas de la obra de Havestadt se encuentran las 19 partituras de canciones misionales escritas en lengua mapuche.