Después de la crisis que vivió la universidad bajo el régimen militar y con el proceso de transición a la democracia, la Universidad de Santiago fue retornando paulatinamente a la normalidad. Se formó la Comisión de Verdad y Reconciliación, se eligieron a las autoridades, se legitimaron las organizaciones estudiantiles y una comisión de exonerados logró el regreso de muchos profesores. Junto con las ingenierías, las ciencias básicas y las humanidades se comenzaron a impartir otras carreras de gran importancia para el desarrollo nacional como medicina, arquitectura, periodismo y sicología.

A la labor académica de las siete facultades se sumaron las tareas docentes de un innovador programa de bachillerato y las de investigación, que se desarrollan en centros especializados como el Centro de Estudios en Ciencia y Tecnología de los Alimentos, Centro de Investigación en Creatividad y Educación Superior, Centro de Innovación en Educación y el Instituto de Estudios Avanzados.

La incorporación de la Universidad de Santiago en mayo del 2000 al llamado grupo de Montevideo, que reúne catorce universidades de Argentina, Uruguay y Brasil, demuestra el avance alcanzado en la integración e interrelación de la universidad con el contexto latinoamericano.