Nacido en España hacia 1524, pasó tempranamente a Chile, sirviendo como soldado a las órdenes de Pedro de Valdivia y de los gobernadores subsiguientes. Tuvo varios cargos de menor cuantía en la administración municipal y regional. Hacia 1566 pidió al entonces gobernador Melchor Bravo y Saravia un empleo de protector de indígenas, en razón de sus largos años de servicio. Denegada la solicitud y en medio de la pobreza, Góngora Marmolejo se dedicó a la redacción de una crónica que consignara para la posteridad los primeros treinta años de la conquista, de la que fue testigo y actor. Terminada en 1576, su autor moriría al año siguiente.

Su Historia de Chile no llegó a ser impresa en su época, al igual que los otros cronistas de su tiempo. Descubierto el manuscrito en el siglo XIX, fue publicado en 1850 en el Memorial Histórico Español y en 1862 en el volumen II de la Colección de Historiadores de Chile y documentos relativos a la Historia Nacional.