Raúl Silva Castro dirigió la revista entre 1929 y 1931. En este período el equipo de Atenea ya no era el mismo. Del grupo fundador, sólo permanecían en la comisión directiva: Enrique Molina y Luis David Cruz Ocampo, integrándola, además, Eduardo Barrios, Raúl Silva Castro y Félix Armando Núñez. Por otra parte, la revista pasa a denominarse Atenea: Revista de Ciencias, Letras y Artes a partir del número 66, de agosto de 1930.