En el territorio donde hoy se emplaza San Bernardo se han encontrado vestigios prehispánicos que dan cuenta de la presencia de pueblos indígenas en esta zona. Vestigios tales como los sistemas de riego y el Pucará de Chena demuestran que, según el arqueólogo Rubén Stehberg, ese territorio fue un lugar sagrado Inca (cf. "En torno al simbolismo del Pucará de Chena". Diseño Urbano y Paisaje, 3(9), 2006).

Durante La Colonia, estas tierras fueron entregadas a españoles y, en 1814, durante la Guerra de la Independencia, tuvo lugar allí la batalla de las Tres Acequias, en la que se enfrentaron las tropas de Bernardo O'Higgins (1778-1842) con las de José Miguel Carrera (1785-1821).

Una vez consolidada la independencia de Chile, se retomaron los trabajos de canalización del Río Maipo (que se habían iniciado a mediados del siglo XVIII), a los cuales estuvo ligada la fundación de San Bernardo. En 1821, el gobierno le encargó a Domingo Eyzaguirre (1775-1854) financiar la ampliación del sistema de regadío vendiendo los terrenos de los Llanos de Lepe en hijuelas. Al centro de estos terrenos se destinó un espacio para la fundación de la Villa San Bernardo, la que fue reconocida oficialmente en 1830.

Durante la segunda mitad del siglo XIX, San Bernardo se transformó en un lugar de veraneo para la elite santiaguina. Además, en 1879 la ciudad acogió a prisioneros de la Guerra del Salitre, los que luego fueron liberados fruto de un canje de prisioneros.

Entre los años 1904 y 1905, se instaló en San Bernardo la Colonia Tolstoyana, un proyecto artístico-comunitario liderado por el escritor Augusto D'halmar (1882-1950), que buscó un lugar apartado de la ciudad para poner en práctica las teorías del escritor ruso León Tolstoi.

Ya desde inicios del siglo XX, San Bernardo experimentó un proceso de crecimiento urbano, marcado por la subdivisión de terrenos, la apertura de calles y avenidas, y la inauguración de vías para unir a la ciudad con Santiago, tales como el ferrocarril eléctrico en 1908 y la Gran Avenida en 1930.

En este período también se creó la Escuela de Suboficiales, que en 1914 pasó a ser una Escuela de Infantería, y la Maestranza San Bernardo, una maestranza central de reparaciones para la Empresa de Ferrocarriles del Estado, que motivó la llegada de cientos de trabajadores a la ciudad y, con ello, la creación de poblaciones obreras.

Durante la segunda mitad del siglo XX continuó el desarrollo urbano de la comuna, con la aprobación del plan regulador intercomunal de Santiago en 1960, la apertura de la Carretera Panamericana Sur en 1964, la llegada de personas de otras partes del país y las erradicaciones a San Bernardo realizadas por la dictadura desde 1979 en adelante, período en que se consolidó la conurbación de esta ciudad con el resto de Santiago, a través de la Gran Avenida y la Ruta 5 (cf. Yáñez, Sergio. La actividad industrial en la comuna de San Bernardo: caracterización, localización y tendencias futuras. Memoria para optar al título de geógrafo. Santiago: Universidad de Chile, 2008).

Hoy en día San Bernardo es reconocido por el folclor. Desde 1972 la ciudad organiza el Festival Nacional del Folklore de San Bernardo. Ya en 1973, la Municipalidad de San Bernardo afirmaba que, "casi de la noche a la mañana la ciudad de San Bernardo se ha constituido en la sede chilena más importante de festivales de folklore" (San Bernardo. Pasado y presente. San Bernardo: La Municipalidad, p. 42). Por este motivo, la comuna ha sido considerada la "Capital Nacional del Folclor".