La ocupación militar de la Araucanía, Ngülumapu o Gulumapu -concepto utilizado por los mapuche para referirse a las tierras habitadas por ese pueblo al lado occidental de la Cordillera de los Andes- fue dividida en periodos bien demarcados por la historiografía de fines del siglo XIX. El primero, desde 1862 a 1868, y que se caracterizó por el avance de la frontera a través de la "colonización espontánea" y la implementación del plan de José María de la Cruz (1799-1875), que implicó la fundación de Angol, Lebu y la construcción de fuertes defensivos en la línea del río Vergara. La segunda, entre 1869 y 1874, en que se implementó el plan de Cornelio Saavedra Rodríguez (1821-1891), que se caracterizó por el avance de la frontera dividiéndose militarmente el territorio nuevamente entre Alta y Baja Frontera; la construcción de fuertes en la línea del río Malleco y luego del Toltén; la fundación de pueblos y ciudades en los territorios intermedios; expediciones del Ejército contra los mapuche alzados y la realización de parlamentos con grupos dispuestos a dialogar. Finalmente, la tercera etapa, menos regular pero más violenta por parte del Ejército chileno, y en que muchos de los lof y ayllarewe o aillarehue se "pacificaron" -es decir, formaron acuerdos políticos y treguas con el Estado chileno- va desde 1875 hasta el gran levantamiento de 1881. Ese fue el esquema que abordaron historiadores como Tomás Guevara Silva (1865-1935), Robustiano Vera (1844-1916) y el Teniente Coronel retirado Leonardo Navarro.

No obstante esta periodización tradicional, Jorge Vergara y Héctor Mellado han planteado que la violencia estatal y de resistencia mapuche fue parte sustancial del conflicto y de la imposición del Estado sobre wenteche y nagche o nagpuleches. Para estos autores, el proceso de enfrentamientos se llevó a cabo en dos etapas: por un lado, las campañas militares defensivas, construcción de fuertes y parlamentos de Saavedra; por otra, el periodo ofensivo liderado por los militares José Manuel Pinto (1818-1874), Basilio Urrutia (1816-1881) y Gregorio Urrutia (1830-1897), de avances violentos y falta de control del gobierno sobre el Ejército entre 1869 y 1883. En la primera "la violencia estuvo más bien focalizada y tuvo su origen en problemas relativos a la propiedad de la tierra y a la usura [y usurpación] por chilenos y agentes del Estado". En la segunda, "se intensificó el uso de la fuerza por parte de las tropas chilenas, afectando sembradíos, viviendas, animales y personas no combatientes" bajo la estrategia de "tierra arrasada". Las reducciones territoriales y radicaciones fueron una tercera etapa y final de ese proceso de disgregación, desarticulación y asimilación de la sociedad mapuche (Vergara, Jorge y Mellado, Héctor. "La violencia política estatal contra el pueblo-nación mapuche durante la conquista tardía de la Araucanía y el proceso de radicación". Dialogo Andino, Número 55, 2018, p. 7).

La guerra prolongada del primer periodo, dio como resultado la construcción de los fuertes de Negrete y Mulchén (1861-1864); el parlamento de Angol (1865); las expediciones al interior y los enfrentamientos en Chihuaihue y Collico (1866); el combate de Quechereguas (1868); el ataque mapuche a la línea del Malleco por las fuerzas de José Santos Külapang (Quilapán) (1867); los parlamentos de Ipinco (1867) y Toltén (1870); el avance a la línea fronteriza de Traiguén (1871) hasta la "pacificación" momentánea en 1873, entre otros.

Según Guevara, aunque la guerra dejó destruidas la agricultura y la ganadería, en el período que va de 1862 a 1873 "se renovó, aunque en proporciones reducidas, la industria primordial de los conquistadores, los lavaderos de oro. (…) cuando hubo más seguridad en la frontera por el establecimiento de la línea fortificada y cuando con los desmontes y labores agrícolas fueron quedando descubiertos importantes yacimientos auríferos, la industria renovó en Angol, en las dos faldas del Nahuelvuta, en las arenas del Imperial y los cascajos del Lonquimay" (Guevara, Tomás. Historia de la civilización de Araucanía. Tomo III. Santiago: Imprenta, Litografía y encuadernación Barcelona, 1902, p. 388-389).

José Bengoa ha indicado que desde 1873 se produjo un proceso de transición con distintas formas de integración del pueblo Mapuche a la nueva realidad territorial. Las principales fueron el fomento del comercio en los fuertes de la Alta y Baja Frontera y el pago a los longkos para mantener la tranquilidad. Según este autor "el gobierno no se decidía a ocupar definitivamente la región y se apoya en los caciques para lograr mantener el orden. Los caciques, por su parte, veían en este sistema una forma de asegurar y afianzar su poder interno en la sociedad mapuche, y veían también la forma de ir encontrando una integración armónica con el Estado chileno" (Bengoa, José. Historia del pueblo mapuche. Siglos XIX y XX. Santiago: LOM, 2017, p. 265).

Además de revitalizarse el comercio y las industrias de diverso tipo, se extendió el ferrocarril, el telégrafo y en 1874 comenzó la explotación de carbón mineral en Coronel.

Sin embargo, varios factores de relevancia rompieron la tregua. Por un lado, gran parte del Ejército apostado en las fronteras araucanas se movilizó al norte para enfrentar la Guerra del Pacífico y dejó en la zona a la Guardia Nacional y un reducido contingente militar, con lo que se debilitó la presencia estatal; por otro lado, en 1880 fueron asesinados por un grupo de soldados chilenos el longko nagche Domingo Melín y su familia. Melín era un hombre de confianza de Külapang y fue su representante en el parlamento de 1870.

Tomás Guevara agregó que la enemistad entre los colonos y los mapuche por la usurpación de tierras, robo de ganado y la destrucción de cosechas fue también otro factor importante. El ejército, por su parte, llevó a cabo acciones ilegales, como tomar detenidos y fusilar sin juicio de por medio "en las cercanías de fuertes y poblaciones a los indios autores de algún saqueo o robo de animales. (…) Los individuos de tropas violaban a las mujeres e hijas de los indios y robaban los cementerios y las habitaciones, que reducían a veces a cenizas" (Guevara, p. 443).

Estas acciones, más el sentimiento de despojo y avasallamiento, desataron la ira de las agrupaciones mapuche que atacaron las líneas de frontera de Traiguén y Malleco en septiembre de 1880, y nuevamente Traiguén en enero de 1881. En febrero de ese mismo año se fundó el fuerte de Temuco en plena Araucanía y un ataque wenteche sorpresivo en Ñielol reavivó las hostilidades entre Venancio Koñoepan, Epulef y otros longkos con las tropas chilenas lideradas por Basilio Urrutia.

Con el retorno del Ejército desde Perú y el peligro del levantamiento general, el gobierno decidió anexar y dominar definitivamente el territorio mapuche. Por motivos de salud, Basilio Urrutia entregó el mando al coronel Gregorio Urrutia, quien arrasó con las fuerzas mapuche que lideraron el alzamiento general del 4 de noviembre de 1881 y habían atacado Temuco, Lumaco, Nueva Imperial y otras localidades. En noviembre de 1882 una importante comitiva de longkos viajó a Santiago para dialogar con el gobierno y poner fin a las hostilidades, pero los enfrentamientos continuaron hasta la campaña de Villarrica y la refundación de esa localidad, lo que consolidó la posición del Estado de Chile y los colonos en tierras mapuche.