La recepción del trabajo de Charles Darwin se dio de manera inmediata en Chile tras la publicación de sus estudios.

Los historiadores Rodrigo Medel y Alberto Veloso señalaron tres momentos o etapas de recepción de la obra de Darwin, desde la Etapa naturalista desarrollada durante su viaje por Chile y la publicación de su diario; la Etapa ideológica, proceso que va desde la publicación de El origen de las especies (1859) y El origen del hombre (1871), que ocupa gran parte de la segunda mitad del siglo XIX, donde se enfrentaron en la opinión pública y en publicaciones especializadas tanto detractores como simpatizantes, polémica que tuvo como punto central la enseñanza de esa teoría en las escuelas nacionales y en la Universidad de Chile; y una tercera Etapa científica, de aceptación al interior de los círculos científicos y su utilización para explicar fenómenos de la naturaleza, determinismos sociales y de la salud (Medel Rodrigo y Veloso, Alberto. "Establecimiento y propagación del darwinismo en Chile: recepción y elaboración de las ideas". Gayana, Número 37, 2009, p. 7-18).

Durante su largo periplo por Chile, Darwin intercambió cartas con comentarios naturalistas y geológicos con importantes científicos asentados en el país, como Claudio Gay Mouret (1800-1873) y Rudolfo Amando Philippi (1808-1904), lo que propició un compartimento de ideas y producción de conocimiento de interés que permitió que los estudios de estos se beneficiaran (Medel y Veloso, p. 14).

Otro intelectual en leer y entender la relevancia del trabajo de Darwin para el ámbito científico fue Andrés Bello López (1781-1865), quien, apenas publicado el diario de viaje del naturalista inglés, en su rol de editor jefe del periódico nacional El Araucano, publicó como prospecto en ese tabloide aquellos capítulos y pasajes que le parecieron de mayor relevancia.

Otro ejercicio de recepción intelectual de la obra de Charles Darwin fue el de Diego Barros Arana (1830-1907), que en 1871 publicó su libro Elementos de Jeografía Física, donde se refirió a la teoría evolutiva desde la perspectiva del análisis geológico y de fósiles, aunque solo de manera enunciativa, ya que no se posicionó ni en favor ni en contra de la misma. En 1872 se publicó también, en dos partes al interior de la Revista de Santiago, la reseña de Luis Guimaraens de un estudio de Darwin titulado La expresión de las emociones en el hombre y en los animales (The Expression of the Emotions in Man and Animals, 1872).

Por su parte, Rudolfo Amado Philippi publicó en 1877 su obra para la enseñanza de las ciencias naturales titulada Elementos de historia natural. En dicho texto Philippi expuso sobre la teoría evolucionista desde una perspectiva crítica, escéptica y cercana a la religiosidad católica.

El historiador Manuel Tamayo señala también la positiva recepción que tuvo entre los médicos de la década de 1870. Fueron dos los primeros en presentar, a través de aportes en la Revista Médica de Chile, algunas ideas en torno al evolucionismo darwinista: Adolfo Valderrama (1834-1902) en 1872 y Pedro Candia Salgado en 1874 (Tamayo, Manuel. "Charles Darwin y el darwinismo en Chile". Theoría, volumen 18, número 1, 2009, Universidad del Bio-Bio, p. 22).

Valentín Letelier Madariaga (1852-1919) tuvo igualmente una recepción positiva de la visión evolutiva de Darwin, la que destacó en una conferencia titulada El hombre antes de la historia (1877). En el caso de las corrientes positivistas que aparecieron en Chile desde la segunda mitad del siglo XIX, Juan Serapio Lois Caña (1844-1913) también adoptó el evolucionismo como parte de sus preceptos científicos, exponiendo estas ideas en varias de sus conferencias publicadas en el periódico El Atacama. En 1888 el médico Alberto Liptay (1859-1922) publicó su conferencia El darwinismo: ¿cuál es la posición del hombre en el universo?.

Desde el ámbito opositor, destacaron una serie de sermones públicos y artículos insertos en revistas religiosas como El Estandarte Católico y La Revista Católica, desde los que la comunidad cristiana se mostró contraria a las teorías evolucionistas y a favor de la defensa del creacionismo. Esta posición de la Iglesia Católica tensionó el ambiente científico, entre aquellos profesionales cercanos a la religión y aquellos más apegados al método científico y a la definición de los fenómenos naturales por medio de la comprobación (Márquez Bretón, Bernardo. Orígenes del darwinismo en Chile. Santiago: Editorial Andrés Bello, 1982).

Hacia inicios del siglo XX, la teoría evolutiva de Darwin se encontraba en un proceso de mayor aceptación, gracias al posicionamiento social que la ciencia había alcanzado en el país y al interior de los círculos políticos, que la defendían como medio de progreso económico y social. Siguiendo esa línea, en el periódico El Atacama, por ejemplo, se publicó en varios de sus números un estudio a cargo de Martín Lopehandía titulado El Universo y el Hombre, en el que su autor, claramente basado en la teoría evolutiva, expuso el ascenso progresivo de la vida desde los orígenes del universo hasta la aparición y desarrollo social del ser humano. En 1904 Alfonso Gumucio publicó El transformismo darwiniano y en 1906 Alfredo Escuti Orrego hizo lo propio con una traducción al español del libro de 1846 Jeolojía de la América Meridional (Geological observations on South America. Voyage of H.M.S. "Beagle", 1846), en que Darwin desarrolló la mayoría de sus observaciones y teorías geológicas durante su viaje por el mundo.

La aceptación de la teoría darwiniana en el siglo XX tuvo gran impacto en el pensamiento político, económico y científico. La medicina, por una parte, tendió hacia el desarrollo de las ideas eugenésicas y de "mejoramiento de la raza chilena" a partir de la intervención social, la salud pública, el control de los cuerpos femeninos, el higienismo y las herramientas como la vacunación, además de la idea de "regeneración popular" para la erradicación de los vicios como el alcoholismo y prácticas como la prostitución dentro de los sectores populares marginados (Sandoval, Manuel. "Medicalización y disciplinamiento. La construcción higienista del espacio femenino, 1850-1920". Nomadías, Número 9, Santiago: Universidad de Chile, 2009, p. 123-139).

Aportó también en el área de las expansiones territoriales, puesto que las sociedades que se entendían como "más civilizadas", utilizaron el discurso evolucionista para imponerse sobre las culturas denominadas "salvajes", y también en la selección de grupos humanos para que migraran a colonizar las tierras despobladas del país, principalmente europeos. En ese sentido, las obras de Darwin, sobre todo su diario, permitieron generar un ideario en torno a las comunidades indígenas del sur, de la Patagonia y Tierra del Fuego y llamó la atención de los estados argentino, chileno y de los capitalistas europeos que llevaron a cabo el proceso de colonización de esos territorios a fines del siglo XIX y principios del XX (Harambour, Alberto. Soberanías Fronterizas. Estados y Capital en la Colonización (Argentina y Chile, 1830-1922). Valdivia, Chile: Ediciones Universidad Austral de Chile, 2019).

Otra muestra de la aceptación generalizada de las teorías de Darwin en el Chile del siglo XX, fue la celebración de los cien años del viaje del H.M.S. Beagle, ocasión en la que el historiador nacional Alejandro Fuenzalida Grandón dio su conferencia magistral en la Universidad de Chile titulada Darwin en Chile. Cien años de un viaje famoso (1933), en la que presentó una biografía acabada del naturalista inglés y exploró la mayor parte de su obra y teorías en torno a la idea de la evolución.