Hijo de Ana Otilia Morales, cantora de cueca, tonadas y romances y de Ignacio Rubio, Santos Rubio nació en La Puntilla, Pirque, el 4 de diciembre de 1938. Ciego casi de nacimiento, poseía, según el parecer de muchos, un oído privilegiado. Cantaba y tocaba guitarra, guitarrón, acordeón, arpa y rabel.

Durante la década del setenta, a petición de Juan Uribe Echevarría, realizó un taller de guitarrón en la Universidad de Chile. Mantendría como uno de los propósitos de su vida la enseñanza y difusión de las tradiciones populares vinculadas al canto a lo poeta y el guitarrón.

En el año 2004 se le otorgó el premio a la música Presidente de la República.

Según Claudio Mercado y José Pérez de Arce, el "oído absoluto" de Santos: "Le permitía afinar con la mayor precisión, y (…) al mismo tiempo le producía una tortura al escuchar la menor desafinación. Por eso se le ocurrió cambiar el encordado metálico tradicional del guitarrón por uno de nailon, sistema que impuso en su zona de Pirque, solucionando el problema de la desafinación e inestabilidad sonora, pero cambiando su sonido ancestral" ("Un mundo sin Santos Rubio". Suplemento Artes y Letras de El Mercurio. Santiago, 29 de mayo de 2011, pág. E8).

Murió a los 72 años el martes 24 de mayo de 2011 en La Puntilla de Pirque.