A partir del 11 de septiembre de 1973, las universidades vivieron la remoción de sus rectores y su reemplazo por militares; la violación de los derechos humanos a integrantes de los tres estamentos; el fin de la coparticipación en el gobierno universitario; la disolución de las federaciones universitarias y la prohibición de cualquier actividad política.

La intervención militar significó también el freno a la Reforma Universitaria, lo que se expresó sobre todo en la desaparición de las matrices democratizadoras de las universidades, así como en la modificación de los planes de estudio. Simultáneamente, se inició una paulatina reducción del gasto fiscal en educación superior, que tendría su punto cúlmine a partir de la Ley General de Universidades de 1981, basada en las directrices del libre mercado.