En febrero de 1878 llegó a Chile, procedente del Perú, el obispo metodista norteamericano William Taylor (1821-1902), quien recorrió las principales provincias del país y motivó luego la formación en Estados Unidos de las primeras misiones metodistas encargadas de viajar a Chile. De manera complementaria, Juan Bautista Canut de Bon (1846-1896), misionero de fines del siglo XIX y referente de la iglesia evangélica en aquél entonces, también aportó a la formación de nuevas misiones protestantes.

En la fundación de la Iglesia Metodista Pentecostal tuvo un papel protagónico el pastor Willis Collins Hoover Kurk, quien llegó a Iquique en 1889. Posteriormente fue trasladado a Valparaíso donde se instaló en el templo de calle Olivares. Su énfasis en la experiencia cotidiana del Espíritu Santo, más problemas de índole doméstica y de relaciones de poder, le significó a él y a sus adeptos distanciarse progresivamente de la Iglesia Metodista y ser presa de una serie de acusaciones por parte de ésta. El conflicto detonó en la Conferencia Anual de la iglesia, realizada en Valparaíso el 4 de febrero de 1909. Las acusaciones presentadas contra Hoover, determinaron el distanciamiento definitivo de él y sus partidarios, renunciando a la Iglesia Metodista en la Conferencia Trimestral de abril del mismo año.

Fue así como se fundó la nueva Iglesia Metodista Pentecostal el 12 de septiembre de 1909, siendo Hoover su mentor y pastor principal.

El crecimiento de la nueva iglesia evangélica fue notable a pesar de sus miembros ser sometidos a escarnio e incluso persecuciones antes de la separación de la Iglesia y el Estado por la constitución de 1925. Sólo después de la vigencia de esta carta fundamental la Iglesia Metodista Pentecostal pudo obtener personalidad jurídica, el 30 de septiembre de 1929. Gracias a la prédica callejera, el acompañamiento musical y el acercamiento a las capas sociales más bajas de la población, se transformó paulatinamente en la principal iglesia evangélica de Chile. Ello a pesar de un cisma sufrido en 1932, cuando se escindió un grupo para formar la Iglesia Evangélica Pentecostal.

Una de las figuras más importantes de la Iglesia Metodista Pentecostal durante el siglo XX fue el pastor Manuel Umaña Salinas, quien fue Superintendente General entre 1933 y 1950, además de primer Obispo Pentecostal Chileno desde el año 1950.

La importancia de la Iglesia Metodista Pentecostal chilena se puede apreciar a través de la magnificencia de su catedral, inaugurada el 15 de diciembre de 1974, donde desde 1975 se realiza todos los años el Te Deum evangélico.