La historiografía eclesiástica tuvo su apogeo durante la segunda mitad del siglo XIX y las primeras décadas del XX. Poco a poco fue perdiendo importancia desde mediados de la centuria, con el surgimiento de nuevas corrientes historiográficas que centraban su atención en los fenómenos sociales y económicos. A pesar de ello, la historiografía eclesiástica de la segunda mitad del siglo XX tiene grandes exponentes como Gabriel Guarda y Walter Hanisch, los que continuaron la antigua tradición que habían iniciado los cronistas religiosos del período colonial. A los temas tradicionales como la historia de las órdenes religiosas o el proceso de evangelización, se agregaron otras nuevas como el estudio de los cronistas y pensadores jesuitas del siglo XVIII, la arquitectura religiosa y los cambios institucionales sufridos por la Iglesia Católica durante el siglo XIX.