En 1944, durante una operación, se le detectó un avanzado cáncer, pero no se le comunicó ni a él ni al país.

Luego de un año de constantes recaídas, Juan Antonio Ríos dejó el poder definitivamente en enero de 1946, se retiró a su Villa Paidahue, en La Reina, donde falleció el 27 de junio de 1946.

Así, por segundo mandato consecutivo, un presidente de Chile moría sin terminar su período de gobierno.