De paso por Francia, Lord Cochrane conoció a José Álvarez Condarco, agente del gobierno chileno y hombre de confianza de San Martín, quien le propuso el mando de la Escuadra que se estaba organizando en el país para expulsar a los españoles del Perú. Llegó a Valparaíso en noviembre de 1818, acompañado de su familia y de algunos ex oficiales británicos que serían sus colaboradores. Inmediatamente se le otorgó la carta de ciudadanía y se le designó Vicealmirante y Comandante en Jefe de la Escuadra.