Durante sus primeros años de publicación, El Progreso se vinculó al gobierno de Manuel Bulnes Prieto (1799-1866), por un lado, debido a que uno de sus ministros, Manuel Camilo Vial Formas (1804-1882), era parte de la familia propietaria del diario. Por otro, por el vínculo de amistad entre Domingo Faustino Sarmiento (1811-1888), redactor editorial de El Progreso, y Manuel Montt (1809-1880), también ministro de Bulnes.

Esta cercanía marcó la tendencia política del diario y el apoyo a Bulnes durante gran parte de su gobierno. Sin embargo, a mediados del año 1849, El Progreso pasó a ser un diario de oposición, transformación que se dio de manera paulatina.

Este cambio tuvo su origen en el desencuentro entre dos facciones del sector conservador, que derivó en la destitución de Manuel Camilo Vial, quien desde 1846 era ministro del Interior de Manuel Bulnes. Vial fue un "personaje fuertemente combatido por el sector pelucón encabezado por Manuel Montt, quien aspiraba, al igual que el mencionado ministro a suceder a Bulnes en el cargo presidencial. Vial llenó los puestos públicos con sus familiares y partidarios provocando un mayor encono de sus adversarios" (Grez, Sergio. De la "regeneración del pueblo a la huelga general: génesis y evolución histórica del movimiento popular en Chile (1810-1890). Santiago de Chile: Dirección de Bibliotecas, Archivos y Museos, 1997, p. 323).

El argentino Bartolomé Mitre (1821-1906) fue el redactor editorial durante este periodo en que El Progreso pasaba por su cambio de orientación política y tuvo que sobrellevar el impacto práctico que también ocasionó en el diario. En el año 1843, El Progreso recibía 3770 pesos de subvención estatal, lo que lo convertía en el segundo periódico en el país con mayor apoyo económico fiscal, luego de El Mercurio de Valparaíso. Sin embargo, con la salida de Manuel Camilo Vial del gabinete presidencial este apoyo económico no continuó. Para El Progreso la situación fue compleja, pues "eran muy pocas las publicaciones que podían sobrevivir sin la ayuda del gobierno. Santiago tenía una población de más de 60.000 habitantes en la década de 1840, pero el tiraje más alto por periódico fluctuaba entre 300 y 500 ejemplares (la excepción era El Mercurio, que publicaba cerca de mil ejemplares)" (Jaksić, Iván. "Sarmiento y la prensa chilena del siglo XIX". Historia. Volumen 26, 1991-1992, p. 131). Así, "ya el 7 de julio de 1849 el diario anunciaba oficialmente que estaba tomada la medida. La guerra entre la oposición y el gobierno se enconaba por horas" (Silva Castro, Raúl. "'El Progreso', primer diario de Santiago". Prensa y Periodismo en Chile (1812-1956). [Santiago]: Ediciones de la Universidad de Chile, 1958, p. 186).

Además de la crisis política que existió en 1849 en el país, hubo dificultades en la economía chilena en el ámbito comercial que "fomentaron el descontento popular". A estas situaciones también se sumó la influencia ideológica de las revoluciones de 1848 en Europa, "todo lo cual generó -a partir de 1850- una coyuntura favorable para una participación política popular más masiva y prolongada que durante las coyunturas electorales anteriores en Chile" (Grez, p. 326).

Hacia 1850, las páginas de El Progreso ya no solo se presentaron como un diario de oposición, sino que en disputa con el gobierno, en especial contra la figura de Manuel Montt, mostrando su apoyo a la Sociedad de la Igualdad, considerada como una fuerza política capaz de aglutinar a la diversa oposición. A fines de este año "el grado de agitación política había subido mucho de punto". Antonio Varas, ministro del Interior durante este periodo, acusaba que la prensa, "con actividad incasable, ha aumentado día a día a la virulencia de sus ataques no solo contra las bases de nuestra organización política, sino también contra aquella que reposan todas las sociedades humanas" (Varas, Antonio, citado en Silva Castro, Raúl. "'El Progreso', primer diario de Santiago". Prensa y Periodismo en Chile (1812-1956). [Santiago]: Ediciones de la Universidad de Chile, 1958, p. 187).

En noviembre del mismo año se decretó estado de sitio para las provincias de Santiago y Aconcagua. Las imprentas de El Progreso y de La Barra, periódico de la Sociedad de la Igualdad fueron clausuradas. Sobre este clima de represión, el 5 de noviembre, El Progreso publicaba: "Los sitios no ponen término a la agitación de los pueblos, cuando estos se mueven en busca de algún bien sólido. Solo esos movimientos efímeros que pasan sobre la superficie de las cosas, como la brisa, sobre los lagos, sin conmoverlos, se cierran delante de un estado de sitio" (El Progreso. Número 2477, 6 noviembre 1850, p. 2).

Durante 1851, El Progreso continuó en el sector de la oposición. Aun cuando su dueño, Manuel Camilo Vial, negó alguna vinculación "a los grupos que hacían guerra al gobierno, su hoja de combate quedaría expuesta a las represalias de la autoridad. El Progreso, en fin, fue suspendido" el 13 de septiembre de 1851 "y no pudo volver a la circulación sino el 1° de diciembre de 1852" (Silva Castro, p. 191).

En su reaparición, el diario estuvo a cargo de José Antonio Torres (1828-1864), a quien "la empresa Vial lo había elegido con prudencia y buen cálculo. Torres fue en ese tiempo un ardoroso defensor del gobierno, tanto que al tomar parte el cuerpo de milicia de que era miembro en la refriega del 20 de abril, el joven resultó herido en el brazo" (Silva Castro, p. 191). Bajo la dirección editorial de Torres el diario apareció hasta el 12 de marzo de 1853.