La Junta Central de la Vacuna fue la institución encargada de organizar y propagar la vacunación en Chile. Sus memorias dan cuenta del papel que jugó el Estado para combatir las epidemias de viruela y en implementar una política de vacuna para la población. Según la historiadora Paula Caffarena, "la necesidad de financiar su propagación dejó en evidencia que no solo importaban las prácticas de caridad como pilares fundamentales en el éxito de esta tarea sino, tam­bién, los recursos que las autoridades entregaron a través de la conformación de instituciones destinadas a regular la difusión del fluido" ("Salud pública, vacuna y prevención. La difusión de la vacuna antivariólica en Chile, 1805-1830". Historia II (49), p. 370).

Los orígenes de la institución se remontan a 1807, año en que Manuel Julián Grajales, ayudante de la Expedición Balmis, llegó a Valparaíso. En 1808 organizó una junta encargada de propagar la vacuna y fundó la Junta Central de la Vacuna en Santiago, de la cual dependerían las juntas departamentales que se instalaron a lo largo de Chile. Esta institución y sus sedes ofrecieron un servicio gratuito de vacunación a toda la población y se encargaron de su organización, vigilancia, registro y resumen.

Debido al contexto político que vivía el país en esa época, marcado por la Guerra de la Independencia, el funcionamiento de la Junta decayó al breve tiempo de su constitución. No obstante, en 1812 se organizó nuevamente este órgano y, con ello, se reactivaron las vacunaciones. Del mismo modo, en 1830 Diego Portales consideró necesario decretar la creación de una nueva Junta, para lo cual solicitó al protomedicato general un plan para la propagación de la vacuna. De igual forma, en 1883 el Presidente Domingo Santa María reorganizó la institución.

El presidente de la Junta era elegido anualmente. El médico de sala era quien se encargaba de supervisar la calidad del fluido, su efectiva inyección y de formar a los vacunadores. Estos últimos eran vecinos nombrados por el gobierno que, a diferencia de los miembros de la Junta, recibían honorarios por su labor y recorrían los territorios para convencer a la población de los beneficios de la vacuna y administrarla a quienes accedieran a hacerlo, junto con llevar el registro e informar sobre las vacunaciones realizadas. Además, formaban a los sacerdotes y a otras personas de confianza en esta labor. Una de las dificultades que tuvo el vacunador, además de la resistencia de la población y el contexto bélico chileno, fueron las grandes distancias que debía recorrer y la dispersión de los habitantes a lo largo del territorio.

En 1899, el doctor Waldo Ugarte Serrano publicó el Pequeño Manual del Vacunador: adoptado por la Junta Central de la Vacuna. Este texto estaba dirigido a los aspirantes a vacunadores, y en él se describen los conceptos y procedimientos básicos en torno al servicio ordinario. Este servicio se ofreció tanto en las juntas como en los domicilios, pues gran parte de las personas no asistía a los vacunatorios. En períodos de mayor necesidad, tales como las epidemias de viruela que sufrió el país en 1886 y 1913, existió un servicio extraordinario.

Las memorias de la Junta Central de la Vacuna muestran el funcionamiento de esta institución en sus distintos períodos y el trabajo realizado por ella: las vacunaciones y revacunaciones realizadas, su organización, las cifras de mortandad a causa de la viruela, etc. Además, presentan las dificultades que encontraron sus miembros para realizar su trabajo y el crecimiento que experimentó la institución. En la memoria publicada en 1885 se señaló que era urgente la designación de un local definitivo para sus instalaciones, "dada la estension que se ha dado al servicio es cada vez mayor i demanda salones cómodos en que instalar a los empleados" (Memoria de la Junta Central de Vacuna correspondiente a 1884, p. 12).

En la memoria de 1892 se muestran los efectos que la guerra civil de 1891 tuvo para el funcionamiento de la Junta, pues señalan que en ese año el servicio de vacuna se redujo al no contar "con ningún poder para hacer cumplir sus disposiciones" (Memoria de la Junta Central de Vacuna correspondiente a 1890 y reseña sucinta del servicio de vacuna en 1891, p. 15). Además, sus puestos fueron abandonados tanto por quienes iban a servir al ejército como por quienes escaparon de las persecuciones.