La viruela era una enfermedad contagiosa cuyo principal síntoma era la fiebre eruptiva y que podía causar la muerte. El primer registro de aparición de viruela en Chile es de 1554 y, hasta 1923, se presentó numerosas veces en el país en forma epidémica, provocando altas tasas de mortalidad en la población. El médico chileno Ramón Allende (1845-1884) señaló en 1876 que, antes de la existencia de la vacuna, esta enfermedad "se llevaba la decima cuarta parte de la especie humana. Hace perecer la sexta u octava parte de los que ataca, y en casos de epidemia hasta la tercera parte" (La viruela: la vacuna: apuntes, p. 10).

Diversas fuentes dan cuenta de las epidemias de viruela que sufrió el país a fines del siglo XIX. En un telegrama que Tomás Echavarría (1848-1888) le envió, en 1878, a Pedro Montt (entonces diputado por Petorca y La Ligua) comunicó sobre la epidemia que se había desarrollado en Salamanca y solicitó que le enviaran "buen fluido" a Petorca, ya que la vacuna con la que contaban era "malísima". También En 1888 la Junta Central de la Vacuna informó en su memoria sobre las consecuencias mortales y el gran número de debilitados que causó la epidemia de 1886. Esto se consideró perjudicial para la economía nacional pues el país perdió con estas bajas "gran parte de sus fuerzas y quedan en desventajosas condiciones para el trabajo, sostén de nuestro pueblo y porvenir de nuestra joven República" (Memoria de la Junta Central de Vacuna correspondiente a 1887, p. 3). Por ello, los beneficios que se podían obtener a partir de la inmunización de la población eran tanto médicos como económicos.

La vacuna contra la viruela fue la primera en desarrollarse en el mundo. De acuerdo a la historiadora Paula Caffarena, la llegada, discusión y difusión de la vacuna en Chile se enmarcó en un contexto hispanoamericano y global. Sin embargo, señala que los territorios americanos fueron agentes activos en el combate de la viruela y no meros receptores de saberes médicos europeos (cf. Viruela y vacuna. Difusión y circulación de una práctica médica. Chile en el contexto hispanoamericano 1780-1830, p. 16).

Los estudios médicos de la época y las memorias de la Junta Central de la Vacuna informaron hacia fines del siglo XIX y principios del siglo XX los efectos positivos que la vacuna tuvo en el combate de esta epidemia. En 1905 la Junta señaló que esta "preserva de la viruela en tal forma, que siendo la mortalidad superior a un setenta por ciento entre variolosos no vacunados, se reduce casi a cero, i muchas veces a cero por ciento cuando aquella epidemia ataca a personas vacunadas que por el lapso de tiempo han perdido la inmunidad de la primera vacunacion i no han sido revacunadas" (Memoria de la Junta Central de la Vacuna correspondiente a 1904, p. 6).

En 1959 se declaró erradicada la viruela de Chile. Siete años más tarde, en 1966, la Organización Mundial de la Salud se propuso erradicar definitivamente la viruela del planeta, la que sería la primera enfermedad infectocontagiosa en hacerlo. Este objetivo se logró en 1980.