Luego del descubrimiento del nuevo mundo, a comienzos del siglo XVI, una de las principales preocupaciones del Gobierno español fue la búsqueda de un paso hacia las islas Molucas, a través del continente americano. Fue en este momento y circunstancias, cuando se presentó ante el monarca Carlos V, el navegante portugués Hernando de Magallanes. Tras firmarse las capitulaciones en 1518, la expedición zarpó en septiembre del año siguiente, desde la Península Ibérica, con el objetivo de encontrar el paso que unía los dos océanos.

El 21 de octubre, las naves llegaron a la boca oriental del Estrecho; el 1° de noviembre, después de reconocer la zona, la escuadra completa inició la navegación a través de él, bautizándolo como Todos los Santos. Pocos días después, Hernando de Magallanes tomó posesión del territorio en nombre del rey Carlos V de España. Era la primera vez que occidente visitaba estas latitudes descubriendo, de paso, el territorio extremo austral de Chile, la Patagonia. Sin embargo, el espíritu colonizador no alentaba la travesía de estos hombres.

A partir de entonces, muchos navegantes europeos incursionaron en las aguas del Estrecho de Magallanes sorteando aventuras y penurias, con el propósito de alcanzar una tierra legendaria. Destacaron las expediciones de García Jofré de Loaiza, la segunda en navegar el Estrecho y la primera en descubrir que Tierra del Fuego era una isla. Posteriormente, por encargo del gobernador Pedro de Valdivia, se llevó a cabo la exploración de Francisco de Ulloa, cuyo objetivo fue el reconocimiento de la costa hasta el Estrecho de Magallanes, con el fin de facilitar la navegación desde España a Chile. Zarpó desde Valdivia a fines de octubre de 1553, siendo la primera expedición en entrar al Estrecho de Magallanes por el occidente. Reconocieron el escarpado litoral y llegaron hasta la actual bahía Woods. La falta de provisiones y el miedo a quedar atrapados en el Estrecho durante el invierno, llevó a Ulloa a dar la vuelta, llegando a los puertos de Chile en febrero de 1554.

En octubre de 1557, el gobernador de Chile, García Hurtado de Mendoza, dispuso la partida de una escuadrilla exploradora de setenta hombres al mando de Juan Ladrillero. Tenía como misión diseñar el mapa de las costas, además de iniciar el estudio de la flora, fauna y observaciones etnográficas de la región. El martes 16 de agosto de 1558, Ladrillero llegó al Océano Atlántico, transformándose en el primer navegante que recorrió el Estrecho de Magallanes en ambos sentidos.

Veinte años después de la expedición de Ladrillero, cruzó el Estrecho el navegante inglés Francis Drake, provocando gran inquietud entre los habitantes de las costas del Pacífico, que temían sus inesperados ataques. Con el fin de cerrar el paso a los enemigos de España, el virrey del Perú, Francisco de Toledo, adoptó medidas inmediatas y envió hacia el Estrecho de Magallanes una escuadrilla con dos navíos, al mando de Pedro Sarmiento de Gamboa. Debían explorar detenidamente el Estrecho, averiguar si los ingleses se habían establecido en sus costas y estudiar la forma de levantar fortificaciones y planos geográficos.

A pesar de que España ocultó los resultados de estas dos últimas expediciones, no dejaron de organizarse nuevas exploraciones hacia esas tierras.

Durante el siglo XVII, destacaron los viajeros holandeses, principalmente Willem Schouten y Jacob Le Maire, quienes descubrieron, en 1616, el cabo de Hornos y reconocieron el extremo austral de Tierra del Fuego. Años más tarde, España envió una expedición, al mando de los hermanos Bartolomé y Gonzalo Nodal, para verificar este nuevo descubrimiento.

A partir de entonces, el objetivo de las exploraciones se centró en un reconocimiento riguroso y prolijo del litoral del territorio magallánico, en el que destacaron algunos viajeros ingleses, como John Byron y James Cook, y franceses, como Bougainville y J.S.C Dumont D'Urville.

Sin embargo, habrían de pasar poco más de dos siglos, con las expediciones británicas de Philip Parker King (1826-1830) y Robert Fitz Roy (1834-1836), al mando de las naves Adventure y Beagle, antes de que los conocimientos geográficos aportados por Juan Ladrillero y Pedro Sarmiento de Gamboa fueran superados.