El 17 de marzo de 1849 obedeciendo a una inquietud del gobierno por el fomento de las Bellas Artes, se inauguró en Santiago la Academia de Pintura.

Su primera sede fue el edificio de la antigua Universidad de San Felipe, donde actualmente se encuentra el Teatro Municipal.

Su creación formó parte del vasto plan educativo que intensificó el gobierno de Manuel Bulnes, para preparar a la juventud en todos los campos de la actividad intelectual, el que se materializó en la creación de escuelas primarias y de preceptores, de liceos y de la Universidad de Chile. También se evidenció en la promoción de las artes de todo tipo con la creación de la Escuela de Artes y Oficios (1849), el Conservatorio de Música (1850), las clases de Arquitectura (1849), a cargo del arquitecto francés François Brunet Debaines, y la de Ornamentación y Escultura (1854) bajo la dirección del escultor francés Augusto François en la Universidad de Chile.

Todas estas iniciativas se reflejaron en un gran desarrollo de las artes, que se expresó en la obra de destacados artistas presentadas en sucesivos salones de arte.

Por primera vez en el país la formación de los jóvenes pintores se entregaba a un plantel especializado, con una enseñanza metódica y bien planificada, con un programa de estudios basado en el de las academias europeas, especialmente en el de la Escuela de Bellas Artes de París.

En 1859, mediante decreto supremo, la Academia de Pintura pasó a formar la Sección Universitaria de Bellas Artes, fusionándose con las clases de arquitectura y de escultura (Arias, Virginio. Memoria histórica de la Escuela de Bellas Artes de Santiago de Chile. Santiago de Chile: Imprenta Cervantes, 1908). Gracias a esta iniciativa adquirió el carácter de establecimiento de instrucción superior. Fue supervigilada por la Universidad de Chile gracias a la ley educacional de 1879.

Sus tres primeros directores fueron europeos contratados especialmente por el gobierno de Chile para tal efecto. Ellos introdujeron un tipo de enseñanza academicista siguiendo el ejemplo europeo. Debía satisfacer determinadas y específicas aspiraciones: hacer pintura académica, acercando los valores del arte europeo a nuestro país, con una fuerte adhesión a la tradición foránea.

En 1891, la Sección fue bautizada como Escuela, trasladándose a la calle Matucana. Durante la última década del siglo XIX, experimentó un período de decadencia. A partir de 1908, la Escuela pasó a depender de la Universidad de Chile, como Bellas Artes, incluyendo la Escuela de Artes Decorativas fundada en 1907. En 1910, sufrió uno de sus cambios más emblemáticos al trasladar sus aulas al recién fundado Museo de Bellas Artes en el Parque Forestal.