Al momento de su muerte, Juan Agustín Palazuelos acababa de regresar a Chile desde Estados Unidos, donde se encontraba realizando un postgrado en la Universidad de Iowa. Pocos alcanzaron a enterarse de su llegada, ya que sufrió un repentino ataque de diabetes la madrugada del domingo 6 de julio de 1969. Palazuelos tenía treinta y tres años de edad. Para sus funerales leyó un discurso su amigo Luis Sánchez Latorre, quien entonces presidía la Sociedad de Escritores de Chile.

A su muerte, Juan Agustín Palazuelos dejó inconclusa una promisoria obra literaria. Entre los numerosos proyectos que había anunciado se cuentan una selección de escritos de la generación del sesenta, la publicación de lo que llamó "pequeñas antinovelas" y una antología literaria sobre la ciudad de Santiago, un tema que parecía obsesionarle.