Rodulfo Amando Philippi realizó sus primeros años de educación en su hogar junto a su hermano Bernardo Eunom Philippi (1811-1852), bajo la tutela de su madre María Ana Krumwilda, quien les enseñó a leer y escribir utilizando clásicos de la literatura como La Ilíada o el Romancero del Mío Cid. Posteriormente, ingresaron a la escuela particular de Charlottenbourg, su ciudad natal. Allí Philippi adquirió sus primeros conocimientos sobre geografía y naturalismo en excursiones escolares. A los diez años, Philippi manejaba importantes nociones en dichas áreas y realizó su primer viaje al exterior junto a su padre, el empleado público Guillermo Everardo Philippi. Viajaron a pie por las regiones del sur de Suiza y norte de Italia, que para entonces se encontraban bajo dominio austrohúngaro -Reino lombardo-véneto (1815-1866)-. Según el historiador Diego Barros Arana (1830-1907) -principal biógrafo de Philippi-, dicho viaje fue fundamental para inculcar en Philippi el gusto por las excursiones y expediciones de largo alcance, las que posteriormente puso en práctica durante su vida adulta y profesional (Barros Arana, Diego. El doctor Don Rodolfo Amando Philippi. Su vida y sus obras. Santiago: Imprenta Cervantes, 1904, p. 3-8).

Luego, la familia se trasladó a la ciudad suiza de Yverdon, donde los jóvenes se integraron a la escuela de Johann Heinrich Pestalozzi (1746-1827), quien creó un innovador sistema de enseñanza intuitiva y de observación, contrario a los sistemas de memorización vigentes en aquella época. El sistema Pestalozzi implicó la salida a terreno para que el estudiante tuviera contacto con el entorno natural, con el fin de motivar la curiosidad e integró la práctica científica con el estudio de las letras para potenciar en los estudiantes la capacidad argumentativa, de expresión y síntesis. La escuela se encontraba en el castillo de la ciudad y en las orillas del lago Neuchatel, lo que facilitó el desarrollo del método experimental de Pestalozzi. En ese lugar, Philippi estudió en profundidad las ciencias naturales, matemáticas y geometría, botánica, zoología, dibujo, idiomas como el francés, latín y griego antiguo, confección de colecciones de plantas y animales, entre otras disciplinas. En la biblioteca del castillo, Philippi encontró importantes libros para su formación, entre ellos, las obras de Alexander Von Humboldt (1769-1859), a quien volvió a leer en la universidad y pudo conocerlo en persona posteriormente (Barros Arana, p. 9-13).

Philippi continuó su formación secundaria en Berlín desde 1822, donde se incorporó al Gymnasium zum Grauen Kloster ("Convento gris"). En ese lugar perfeccionó sus conocimientos escolares y aprendió inglés e italiano. Se graduó en 1826 e ingresó a la Universidad de Berlín para estudiar medicina, donde fue influenciado por varios profesores, entre ellos el naturalista Enrique Federico Link (1769-1851) y el zoólogo Martín Enrique Carlos Lichtenstein (1780-1857). Philippi mantuvo la práctica de sus excursiones durante las vacaciones y sus estudios autodidactas en botánica y zoología, química y física. Finalmente, se tituló con honores como médico cirujano en abril de 1830 (Barros Arana, p. 15-21).

Terminados sus estudios superiores, se dedicó al naturalismo, para lo cual se dirigió a la frontera con Francia y luego a Italia. Se instaló en la ciudad de Nápoles, desde donde organizó sus excursiones y se especializó en el estudio de conchas, moluscos y fósiles marinos, sobre todo en las costas de Sicilia. En esos viajes conoció al naturalista y geólogo alemán Federico Hoffmann, con quien estudio las formaciones volcánicas del sur de Italia, principalmente los volcanes Etna y Vesubio (Barros Arana, p. 24-26).

Luego de finalizar esas tareas investigativas, Philippi se trasladó a Berlín donde oficializó su grado de médico en ejercicio y continúo su formación de naturalista junto a Cristian Godofredo Ehrenberg (1795-1876), con quien profundizó el estudio de conchas y moluscos del Mar Rojo, de Egipto y Siria. Volvió a Italia en 1837, donde permaneció hasta 1839 y continúo sus estudios de moluscos y fósiles.

En ese periodo trabajó en varios artículos científicos y comenzó la redacción de su primera gran obra en dos volúmenes titulada Enumeratio molluscorum Sicilioe, entre 1836 y 1844. En 1836 se mudó a Hesse-Kassel, donde ocupó el puesto de profesor de Historia Natural y Geografía en la escuela politécnica de esa ciudad-estado alemana. Uno de sus alumnos fue el astrónomo Carlos Guillermo Moesta (1825- 1880), que posteriormente se avecindó también en Chile. En ese periodo escribió varios tratados, entre ellos uno titulado Handbuch der Conchyliologie und Malacazoologie (conchiliología y malacozoología).

Durante la década de 1840, Philippi recibió diversos reconocimientos. Gracias a sus aportes como naturalista, fue recomendado por Humboldt frente al rey Federico Guillermo III de Prusia, quien le otorgó una medalla de oro por sus méritos científicos; posteriormente Federico Guillermo IV le otorgó una segunda medalla de oro y fue nombrado científico asociado por las academias de ciencias de Nápoles y Turín; el rey Víctor Manuel de Italia le otorgó también la medalla de la "Orden de la Corona de Italia" (Barros Arana, p. 36-40).

Entre 1848 y 1849, Europa se vio envuelta en una serie de revoluciones liberales originadas en Francia, que luego se extendieron a Alemania y otros territorios. Philippi se encontraba por entonces en Hesse-Kassel, que se había convertido en un principado elector bajo el mandato del príncipe Federico Guillermo de Hesse-Kassel (1802-1875). En esa ciudad-estado se organizaron grupos de republicanos liberales en los que Philippi participó como simpatizante.

En aquella vorágine política, fue nombrado consejero de la municipalidad de Kassel y director de la escuela politécnica. Aunque en un principio el príncipe Federico Guillermo favoreció la instalación de la co-gobernación liberal, cuando vio en peligro sus privilegios políticos llevó a cabo acciones represivas sobre el movimiento republicano. Finalmente, en 1850 el ejército federal entró en Hesse-Kassel para disolver a los liberales y restaurar el antiguo régimen. Philippi dejó Kassel en diciembre de ese año y se dirigió a Gotinga, para luego refugiarse en la aldea de Grünenplan donde entró en comunicación con su hermano Bernardo Eunom, quien se encontraba reclutando ciudadanos alemanes para colonizar el sur de Chile, principalmente la zona de Valdivia (Barros Arana, p. 59-63).

Tras convencer a Rodulfo Amando, Bernardo Eunom organizó el viaje del bergantín Bonito, que zarpó desde el puerto de Hamburgo con rumbo a Valparaíso, donde llegaron en diciembre de 1851. Durante el viaje, Philippi estudió español gracias a un diccionario y una gramática que adquirió previamente y se dedicó a trabajar en un Manual de conchiliología (1853).