Aníbal Pinto Garmendia fue hijo de Francisco Antonio Pinto, ex Presidente de la república (1827-1829), y de Luisa Garmendia Adunalde, de nacionalidad argentina y perteneciente a una influyente familia de Tucumán. En 1855 contrajo matrimonio con Delfina Cruz y Zañartu, hija única del caudillo liberal de la Revolución de 1851, José María de la Cruz. Asimismo, estaba emparentado políticamente con el ex Presidente Manuel Bulnes, quien era el esposo de su hermana Enriqueta.

Aníbal Pinto estudió en el colegio argentino de Santiago, a los catorce años ingresó al Instituto Nacional y siguió estudios de filosofía y derecho romano con Andrés Bello. Por asuntos públicos tuvo que viajar a Europa en 1845. A su regreso, en 1851, se dedicó a las labores agrícolas y se incorporó como miembro de número de la Facultad de Filosofía y Humanidades de la Universidad de Chile, iniciando al mismo tiempo una eficiente, pero discreta carrera política como diputado, para luego ser nombrado como Intendente de la Provincia de Concepción, donde vivía desde 1857. En estas funciones se mantuvo por diez años, adquiriendo una sólida reputación.