Coyhaique - de Koy Aike, palabra que significa laguna-campamento - fue fundada el 12 de Octubre de 1929 para dar apoyo a los colonos que estaban viviendo ahí y a la Sociedad Industrial de Aysén (SIA). Las primeras exploraciones de la zona datan del siglo XIX, donde se destacó el capitán Enrique Simpson Baeza, quién hizo las primeras observaciones de la zona. Ya en el siglo XX, el Estado comenzó a mostrar mayor interés por la zona, creando en 1927 el territorio de Aysén, y dos años después fundando Coyhaique.

Desde la década de los '30, Coyhaique y el territorio de Aysén comenzó a depender cada vez más del Estado, el cual comenzó a invertir mayormente en obras publicas, lo que permitió el desarrollo de la región Aysén. Ya para la década de los '70 y con la crisis ganadera que golpeó fuertemente a la región, el Estado decidió trasladar la capital regional a Coyhaique e invertir en el proyecto de la Carretera Austral, que le daría a la zona un gran atractivo turístico que se mantiene fuertemente hasta el día de hoy.

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